周朝瑞，字思永，號衡台，山東東昌府臨清州人。明光宗嗣位，升吏科給事中，疏請收錄先朝直臣。不久陳“慎初三要”，曰“信仁賢，廣德澤，遠邪佞”，請留上供金花銀，以佐軍興。明熹宗立，遷禮科左給事中。左光鬥等極論大學士沈紘勾結中官練兵，為肘腋之賊，得罪魏忠賢黨，被忠賢心腹徐大化列入汪文言獄中，與楊漣等五人並逮下獄，坐妄議“移宮”及受熊廷弼賄，拷打備至，斃獄中。與同為閹黨所害的楊漣、左光鬥、魏大中、袁化中、顧大章並稱“東林六君子”。
明光宗即位，周朝瑞被提拔為吏科給事中，上疏請求收留錄用前朝的忠臣。不久，陳述剛開始執政時應注意的三項要務，即一、任用仁愛賢能的人；二、推廣皇上的恩惠；三、遠離邪惡、阿諛奉承的人。於是請求留下各地上供的金花銀，用來幫助軍隊建設。其中有很多斥責宦官的話，宦官都憎恨他，因此刺激皇帝生氣，貶低他的官級將他調往外地，這時他才做諫官四天。他尚未出京城，明熹宗即位，下詔恢複他的官職，上疏請求皇帝容納直言進諫，又陳述考試選舉的各種弊病。將要舉行日講，上書陳述君臣之間相互警戒，皇帝都高興地接受了。賈繼春請求安置李選侍，周朝瑞極力駁斥他，跟賈繼春來回交鋒三四次。
遼陽戰事危急，周朝瑞請求在內閣大臣中推選二個通曉軍事的人專門負責這事，而用職方郎一人專門管理機要事情，給事中二人專門負責來往的公文，皇帝同意了。雄縣知縣王納諫被宦官誣告，假傳聖旨降了官級，給事中毛士龍因此檢舉駁斥宦官，被府丞邵輔忠陷害，宮廷傳旨將他除名，周朝瑞一並上疏一一討論。
太陽上麵覆蓋了一個東西，忽然大風吹起狂沙，天空一片火紅，都城的人驚嚇得不知所措，有關部門不敢報告皇帝。周朝瑞請求皇帝修身自省，下詔給朝廷內外的臣屬，不要互相鬥爭耽誤國家大事，責問有關部門不上報的罪責，皇帝接受了。這時皇帝即位一年多了，還不曾親自主持國家政權，國家大權落在彆人手裡，周朝瑞請求皇帝親自處理國家事務。皇帝下旨，說政務交給內閣大臣，祖宗的舊製度不能搞亂了，然而這時國家政權根本不在內閣。
廣寧失陷，下詔停止每天的學習講讀，周朝瑞等人上疏說“這果真是皇帝的意思，輔臣應當據理力爭。如果輔臣迎合宦官的意圖，那麼過失就大了。況且皇帝年輕，還沒有自己的明確主張，全靠早晨講解經史的機會，各臣能夠一睹皇帝的龍顏，一起揭穿指鹿為馬的奸計。如今上朝的機會已逐漸減少，倘若再取消講解經史，深宮重重阻隔，無法會見，地方司馬的報告不能傳入，像呂大防一樣被貶職而不被人知，國家大事將毀於一旦了。”正好禮部也有同樣的說法，於是下令照常舉行每天輔助皇帝講解經史。
不久，同各給事禦史惠世揚、左光鬥等人極力追究大學士沈紘勾結中官操練部隊，是窩藏在皇帝身邊的內奸。沈紘上疏辯護，周朝瑞等人徹底揭發他賄賂勾結魏忠賢、盧受、客氏，而末尾又涉及他的私黨邵輔忠、徐大化，語言過於激烈，剝奪了首先上疏的惠世揚的俸祿。徐大化曾受某個要人的指使，極力攻擊熊廷弼，周朝瑞討厭他。不久，王化貞丟棄廣寧逃跑，徐大化又請求立即殺死熊廷弼，周朝瑞認為熊廷弼還有可用之才，請求讓他防守山海關，帶罪立功，先後上了四次疏，都被扣壓沒有實行。徐大化於是極力誹謗周朝瑞，周朝瑞被激怒了，也醜化詆毀徐大化，有關部門為他們雙方排解。
周朝瑞剛被提拔為太仆少卿，而徐大化是魏忠賢的心腹，一定要殺死周朝瑞，將他的名字竄入汪文言案中，跟楊漣等五人一起逮捕，投進鎮撫司的監獄，判處胡亂議論“移宮”的事情以及接受熊廷弼賄賂一萬兩，過了五天再審訊，嚴刑拷打，竟打死在獄中。
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