周起元，字仲先，號綿貞，福建海澄人。禦史任上，上疏力斥詆毀東林故，謫為廣西參議。以右僉都禦史巡撫蘇鬆十府，指控織造太監李實貪恣不法，又為蘇州同知楊薑辨冤，遭魏忠賢恨，被誣為乾沒帑金十萬兩，逮入獄中，拷掠至死。與同為閹黨所害的高攀龍、繆昌期、周順昌、周宗建、黃尊素、李應升並稱“後七君子”。
周起元，鄉試第一，翌年中進士，授江西浮梁知縣。值豪強陰謀吞書院，起元執法，堅決抵製，終於保住書院，曆知浮梁、南昌，以廉惠著稱。周起元選授禦史赴京待命，擬任湖廣道禦史，時值朝廷考核京官，這是關係官員升遷降黜的大事，是黨爭的焦點。禦史劉國縉懷疑鄭繼芳的假信出自周起元、李邦華、李炳恭、徐縉芳、徐良彥的手筆，於是稱他們為“五鬼”，鄭繼芳也被列入奏疏中，周起元憤怒了，上疏自我表白，滯留兩年才得任命。
周起元受命湖廣禦史，即奉敕分巡湖廣道漕運，他沿江巡視、踏勘、組織民工疏浚河道，維修漕運各種設施。恰巧太仆少卿徐兆魁因為攻擊東林黨人被錢春彈劾，周起元也上疏彈劾他，奸詐小人劉世學這人，是誠意伯劉藎臣的堂祖父，上疏詆毀顧憲成。周起元很氣憤，極力駁斥他的荒謬，劉藎臣於是攻擊周起元，更加詆毀顧憲成。周起元再次上疏極力辯論，他的同僚翟鳳翀、餘懋衡、徐良彥、魏雲中、李邦華、王時熙、潘之祥也輪流逐條辯論。皇帝將要下令逮捕劉世學，劉世學於是逃走了。
告假家居的原國子祭酒方從哲，不經廷議由中旨起官為吏值京周起元正察之際來京，無端被卷入黨爭旋渦，滯留兩年才得任命部左侍郎。依明製高級官員的任命，須經內閣大臣協議而後才由朝廷下旨，周起元以為方從哲起官有違“祖訓”，且其為人“性柔懦，不能任大事”，上疏反對。因此，得罪了聯成一氣支持方從哲的齊、楚、浙諸黨。吏部尚書趙煥按年例調禦史孫振基、王時熙、魏雲中為外官，均未經都察院協議，周起元又參與上疏反對，結果獲扣除薪俸之處分。
不久，周起元奉命巡按陝西，隨即調為廣西參議，分守右江道。周起元治粵西，遵循理學大師周敦頤治南安、陸九淵治荊門的辦法，以“尊重德性”為上。時柳州災荒，百姓紛紛聚眾搶糧鬨事，地方官以為盜賊蜂起，力主鎮壓，周起元采取安撫、賑災的辦法，終於平息了騷亂。因治粵西政績，升遷為四川副使，尚未起任，遼陽被清兵攻破，前方告急，又改任通州參政。
刑部侍郎鄒元標和左都禦史馮從吾創辦‘首善書院’，其目的是傳播濂洛之學，改變士俗。周起元既回京，也時常造訪書院，但由於書院傳播道學，且時常指摘朝政，所以忌恨者也不少。時兵科給事中朱童蒙便上疏請求禁止，並詆毀。周起元便起而上疏為書院辯解，為鄒元標抗爭，由於書院得到人們的擁護和鄒元標正直的威望，朱童蒙失敗，被貶為蘇鬆分守參政。
巡撫蘇鬆十府，是時大水泛濫，起元上疏請浚江河，但朝廷不許，時吳中稅監李實素貪橫，起元上《去蠹七事疏》，彈劾李實，有人提醒他“不慮禍不測耶？”他說“禍福之來，天也；君子不計，所計者是非耳！”前因攻擊首善書院而外遷，蘇鬆為分守參政的朱童蒙，恰也在周起元巡按域內。朱童蒙離開京師更加驕橫，“每行道輒鞭撻數十人，血肉狼藉”。又曾非法擊斃漕卒，吳民恨之入骨。周起元得到吳民控訴，勃然大怒，說“天子命我撫民察吏，可坐視此等虐吾民耶？”於是，上疏彈劾，結果朱童蒙投奔魏忠賢門下，調回京師為太常寺卿，而周起元卻削職為民，當周起元打點行裝歸裡時，“吳人老少皆隨送，涕哭聲塞市”。
魏忠賢欲殺高攀龍、周順昌、繆昌期、黃尊素、李應升、周宗建六人，取實空印疏，令其黨李永貞、李朝欽誣起元為巡撫時乾沒帑金十餘萬，日與攀龍輩往來講學，因行居間，矯旨下令緝捕。緹使至漳州，士民大驚，又傳聞退贓即可贖身，於是父老在四城門設了木櫃，號召投錢。不數日錢滿，士民如數交迄，緹使也為之感動。周起元被押解至京，落於都指揮僉事許顯純之手。許“略曉文墨，性殘酷”，楊漣等十餘人皆死其手，周起元身受嚴刑，屈打成招，因肌肉糜爛致死。吳士民及其鄉人無不垂涕者，後人稱周起元、高攀龍等七人為“後七君子”。
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