軍體製改革的問題就要嚴重得多了，而且這絕不是海生的事情。戰爭進行到現在，特彆是在聶人鳳出任海軍司令之後，海軍已經進行了兩次大規模的體製改革，現有的體製是能夠很好的為戰爭服務的，如果以戰勝敵人為最高目的的話，那麼在戰爭結束之前，海軍是不需要進行第三次體製改革的。而這次提出改革的不是海軍，而是內閣政府，其中涉及到的問題極為複雜。
毫無疑問，甘永興讓談仁皓知道這件事情，也正是要談仁皓參與到改革中來，至少要談仁皓了解海軍為什麼要進行第三次體製改革，讓他弄清楚海軍的內部結構，這對他今後管理海軍肯定有著巨大的意義。
讓首相主動提出海軍進行第三次體製改革的主要原因有三個，一是即將成立的空軍，二是成立國防部統一管理未來的三軍，三是陸軍施加的壓力。
成立空軍的事情已經確定了下來，隻要戰爭結束，就會建立第三個軍種。未來空軍的主體將是現在的陸軍航空兵，也就是說，在空軍成立之後，陸軍不再擁有航空兵，不管是戰略轟炸機部隊，還是戰術航空兵，全部劃歸空軍。不過，海軍也不是沒有關係。海軍航空兵會被保留下來，但隻是很小的一部分。最重要的是，海軍的戰略打擊部隊肯定要被取消掉，或者是並入空軍，成為空軍的一部分。而這其中，最關鍵的就是未來的海軍航空兵到底需要多大的規模。
這是當時聶人鳳與首相之間地主要分歧。按照首相的考慮，海軍航空兵隻需要保留艦載機部隊就行了，畢竟這些由航母攜帶的作戰飛機是艦隊不可缺少的一部分。而艦隊又是海軍的主體，不可能把艦載航空兵也劃到空軍的名下。可是，人鳳卻並不甘心把所有地岸基航空兵都交給空軍，在他看來，岸基航空兵執行的很多任務是與海軍息息相關的，比如反潛。護航，偵察，搜索，救援等等。這些都與艦隊作戰有關，隻是將飛機部署在陸地機場上，如果條件允許的話，海軍也希望將這些飛機部署到航母上呢。如果將岸基航空兵全都劃歸給空軍。那今後海軍需要一些戰術協作，還得請求空軍地支援，這不但麻煩，而且會帶來很多指揮環節上的問題，也必然影響到海軍的作戰行動。因此。人鳳堅決不同意完全取消海軍的岸基航空兵，至少要保留一支輔助性地力量，即隻取消岸基航空兵的作戰部隊。
可以說，最終首相怎麼處理海軍航空兵，將成為海軍體製改革中的一個重點問題。如果僅僅隻保留艦載航空兵的話，那麼海軍航空兵這個兵種都有可能被取消掉。反之，如果聶人鳳爭取成功，那麼海軍航空兵就會被保留下來，隻是規模小了很多而已。
成立國防部的事情對海軍地影響也非常巨大。其中特彆重要的就是，要不要取消獨立的海軍司令部。將海軍司令部集成到國防部裡麵，接受國防部的直接領導。
成立了國防部之後，海軍司令部肯定會降級。現在的海軍司令部屬於內閣的部級單位，而在成立了國防部之後，海軍司令部最多隻是國防部的一個重要組成部分，而不是獨立的部門。而這一點的影響是非常大地。
海軍是獨立的部門時，軍費預算是單獨計劃地，並且可以直接向內閣提交申請，並且單獨在議會進行審批。在掌握了經費大權的情況下，海軍的發展相對獨立，對海軍建設有著很積極的作用，這也是為什麼海軍部保留了好幾百年的原因。相反，如果今後由國防部來領導海軍的話，海軍就沒有了獨立申請軍費的權力，而是由國防部統一申請國防開支，並且由國防部來分配軍費。當然，在內閣與議會審批國防預算的時候，肯定會詳細到每一項，也就是說，海軍仍然有立項權，隻是今後受製於人，並且由國防部劃撥經費，那海軍就不可能得到獨立的經濟大權，其發展也必然受到影響。
彆小看經費這個問題，可以說，當時海軍與陸軍反對成立國防部，都是因為這個原因。而首相堅持要成立國防部，也正是想通過控製軍費來控製軍隊，最終使軍隊完全由內閣掌握，成為政府手裡的工具。也正因為如此，在國防部部長的人選問題上，兩個司令官與首相的分歧就更為巨大了。
按照首相的意思，國防部是一個文職部門，國防部長也必然是文職官員。雖然，首相不排除由將領出任國防部長的可能性，但是有一個先決條件，那就是出任國防部長的將領都必須退役，即與軍隊解除關係，從而成為文職官員。雖然以文治武是發展的趨勢，但是在帝國曆史上，因為由文職官員管理軍隊而導致的災難數不勝數，所以陸海兩軍司令都不讚成首相的安排，認為國防部是管理軍隊的，那麼，就應該由將軍來擔任部長，而不是派個“秀才”來指揮軍隊作戰！
後來，這就引出了國防部的權限問題，即國防部有沒有指揮軍隊作戰的權力，以及要不要由國防部來指揮軍隊作戰。可以說，當時還沒有幾個國家成立了國防部，而且在怎麼用文職官員管理軍隊的問題上也沒有多少經驗可以借鑒，帝國也隻能摸索著前進。其實，這也成為了首相一直沒有正式確定成立國防部的主要原因。
後來的解決辦法大家都知道，而當初正是因為聶人鳳與嚴定宇的堅持，最終首相才向兩位司令官做出了妥協讓步。既然國防部是文職機構，那就不應該掌握軍隊的指揮權，而隻掌握文職方麵的權力，比如軍費，人事這兩項大權。軍隊的指揮權仍然得交給軍人，而不是“秀才”。不過國防部既然已經掌握了經費與人事大權，那麼軍隊就基本上由國防部控製，將領的地位降低了不少。
也正因為考慮到在戰爭期間，文職官員是不可能指揮