就在張宏範到達平戶，與伯顏商議下一步進軍之事時，北條大軍終於開始行動了。
鑒於天皇在京都集結大軍，北條等人雖然不斷派人打聽，但是也沒有查探到天皇的真實用意，即便天皇軍隊是來支援他們的，但是一旦天皇軍隊加入，戰爭甚至軍隊的指揮權就很難說了，而軍隊的效忠，正是武家政權統治甚至存在的根基。
出於這種考慮，儘管日蓮法師一再要求鐮倉方麵向天皇稱臣，哪怕是暫時或表麵上的，以便集結一切力量抗元，北條倒是猶豫過，但是將領們基於當年“承久之亂”的教訓，堅決不同意臣服天皇，幾個彆當和大番役甚至聲淚俱下的講述當年北條政子對武士們的告誡，北條隻好作罷。
其實，這種擔心也並非沒有道理，後醍醐天皇的確準備利用這個時機把大權從幕府那裡奪回，至於元寇，在京都看來，一旦整合了武家“禦家武士”的力量，加上自己的皇軍、護軍、僧兵和效忠天皇的各藩的藩兵，足以把元寇趕走，或者至少取得一個不錯的議和協議。
軍政不能整合，甚至在元軍到來時矛盾愈發激烈，水師更是不能一體作戰，原時空裡的“神風”沒有出現，這個島國頓時陷入危機之中，但是，由於其民驍勇好鬥，民風政風都崇尚武力，跟弱宋完全不同，加上85以上的國土都是山地，元軍想征服這種國家，也並不容易。
由於對京都的不放心，集結在鐮倉和京都附近的9萬禦家武士和十餘萬藩兵、足輕隻派出了不到三分之二前往出雲和備後，其餘的大部分仍布防在京都周圍。
日蓮法師見狀，長歎一聲，他似乎預感到什麼，他是被滅國之人，當然非常清楚元軍的實力和蒙元中的傑出人物的本事，但他也不想再逃。
正好此時天皇侍臣找到他，因為後醍醐天皇是深信朱子之學的人，日蓮當然精通朱子之學，同時他又了解元寇的情況和幕府的情況，是京都方麵極為重視的人。
如今見北條不聽日蓮法師之言，法師與幕府漸行漸遠，馬上派人與法師接洽，在侍臣拿出天皇手書，尊日蓮為國師的手詔後，日蓮也不是迂腐之人，他已經看出在這場衛倭國戰爭中，幕府眾人由於過於僵硬，必將以失敗告終。
能驅除元寇的，隻有天皇，他稍微思考了一下，提了幾個條件，在得到天皇的應允後，他帶上數十跟他一起從南宋逃出的文人僧侶，在數百護衛的保衛下，以探查京都動向為由，投奔了後醍醐天皇。
5萬禦家武士和8萬足輕以及信濃和上野的各1萬藩兵，共15萬人帶著大量糧草輜重，緩緩向本州南部進發。
忻都已經接到伯顏的命令，帶著人晝夜兼程向長門進發，他留下5000人協防赤阪（此時赤阪的守衛者僅剩不足2000人），隨即跟洪茶丘一起帶兵趕往出雲，跟金方慶彙合。
金方慶派了5000人回防赤阪後，以剩下的麗軍沿和歌山布設了2道防線，另有3000簽軍守衛南部防線，洪茶丘仍然留下4000簽軍和1000麗軍布防長門、石見和周防，赤阪城還留下的不到2000人全部交給忽都手下的一個總管統一指揮。
在忻都的建議下，忻都、洪茶丘決心從石見、周防兩路出兵北上，這樣，必須拿下安藝，小小的安藝已經感覺到了不對，但是，此時能給他支援的隻有備後，可是備後正受到金方慶的猛攻。
安藝藩主能做的，隻能是帶著少數護衛跑到備後，但是，很快金方慶在忽都的支援下，占領了備後，這2位藩主，隻能繼續逃命。
安藝、備後2藩的拿下，對改善元軍的防禦態勢，起了極大的作用，不過，忽都此時完全被勝利衝昏了頭腦，他不顧幕府大軍已經快趕到伯暨和美作，堅持要翻越海拔達2000多米的和歌山主峰，向伯暨和備中發起進攻。
伯暨和備中是拿下來了，但是幕府的大軍也到了美作，幕府集結了沿路6個忠於幕府的藩的藩兵4萬人，共有5萬禦家武士、8萬足輕和6萬藩兵（包括信濃和上野的各藩兵），幕府總兵力達19萬之眾，不過有4萬足輕是背負後勤輜重的，沒法上前線。
儘管如此，幕府軍仍達15萬之眾，而元軍隻有忻都的3萬人和洪茶丘、金方慶的2萬麗軍，其餘還有些部隊，要麼在防守赤阪城，要麼分散駐紮在長門、周防、安藝、石見、備後、出雲、備中和伯暨8藩的一些要點上，海灘邊也一直留有一支岸防部隊。
這樣在美作前線，雙方兵力對比是3比1，雖然元軍裝備精良、訓練有素、擅長陣型又善於集中兵力作戰，但是麵對懸殊的兵力對比，以及明顯不利於陣型作戰和集兵作戰的和歌山山川地形，元軍打的非常吃力。
日本的地形，85都是山川，但是又跟大陸上不太一樣，火山噴發形成的地貌特征，造成山脈很少有完整走向的，常常一會山地，一會坡地，一會河流，一會平地，這種地形倒是很適合那種憑個人武力好勇鬥狠的所謂武士們，但是對大軍展開作戰卻很是不利。
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