幾天後，剛剛當上聯軍司令長官的袁世凱就發現了一個異常情況日本聯合艦隊第一遊擊隊司令坪井航三率領的四艘日本軍艦，在完成護送運兵船的任務後並沒有回國，而是在吳淞口駐紮了下來，還經常派兵到江麵上巡邏。
為了弄清楚這到底是怎麼回事，袁世凱立即約見山縣有朋，問道“山縣將軍，貴國向我國遞交的文件裡沒有說要派海軍來我國，但是現在的情況和文件上寫的不一樣，請山縣將軍解釋一下。”山縣有朋回答“袁將軍，貴國最精銳的海軍北洋水師已經歸順唐軍，每天都在長江裡遊弋，而貴國的南洋水師實力遠不及北洋水師，根本無法為我國的運兵船提供有效保護，所以我們隻能自己派軍艦對運兵船進行保護。”袁世凱問道“你們派軍艦保護運兵船無可厚非，但現在貴軍已經全部登陸，護航的任務已經完成，貴軍的艦船為何沒有回國？”山縣有朋回答“天皇陛下考慮到貴國海軍實力較弱，無法與唐軍抗衡，故任命聯合艦隊第一遊擊隊司令坪井航三為援華派遣軍副司令，率領吉野、浪速、秋津洲、高千穗四艘戰艦加入援華派遣軍作戰序列，以加強聯軍的水麵作戰力量，此四艦在大東溝海戰中作戰勇敢，功勳卓著，此次再來貴國，必能大敗唐軍與長江之中。”袁世凱聽到山縣有朋提到了讓北洋水師損失慘重的大東溝海戰，大為不悅，說道“山縣將軍，恕我直言，唐峰的政府和德國人建交，而且唐軍擅長在戰鬥中發揚火力，艦隊的炮彈肯定很充足，當年的北洋水師不能與今日的唐軍艦隊相提並論。更重要的是唐軍有一種會飛的怪異武器可以從天上發射炸彈，貴軍要多加小心。”山縣有朋發現袁世凱生氣了，趕緊借故告辭。
山縣有朋走後，袁世凱派人叫來南洋水師提督李成謀和陸軍將領段祺瑞，命令他們秘密派出軍隊向日本軍隊的駐地布置警戒，一旦發現異常情況立即報告，違者嚴懲不貸。
就這樣三國兩天後，聯軍內部又發生了一件讓袁世凱頭疼的事情，事情的原委是這樣的，幾個日本兵到鄉間作惡，搶走了村民家裡的雞和糧食，一個村民上前阻攔竟被他們開槍打死。
還有一個姑娘遭到日本兵強奸，含恨自殺。日本兵走後，其他村民抬著屍體喊著“殺人償命，日本兵滾出中國去。”等口號，進城去找袁世凱告狀。
村民們來到聯軍司令部門前停了下來，繼續高呼口號。衛兵見狀趕緊上前詢問情況，村民們講述了事情的經過，求見袁世凱。
袁世凱收到報告後，親自出來安撫民眾。他說道“鄉親們，你們的心情我能夠理解，給我三天時間，世凱一定給大家一個交代。”回到辦公室，袁世凱立即派人請來山縣有朋，給他講了事情的經過，然後問道“山縣將軍，這到底是怎麼回事？”山縣有朋回答“袁將軍，這件事我也是剛剛知道，我回去調查一下，下午給您答複。”當天下午，山縣有朋向袁世凱報告“司令長官，這件事情我查清楚了，是第一聯隊的五個士兵乾的，請司令長官處罰。”袁世凱說道;“來人，把這幾個胡作非為的日本兵拖出去，殺。”一聲令下，幾個清軍士兵衝進房間，兩人抓住一名日軍往外拖，山縣有朋見狀說道“慢。”袁世凱問道“山縣將軍，按我**法，違反軍紀者就地正法理所當然，山縣將軍為何阻攔？”山縣有朋說道“袁將軍，我軍勞師遠征，幫助貴國平定叛亂，現在還未開戰，袁將軍就下令處決我的士兵，唯恐軍心動搖，不利於聯軍的團結，對下一步迎擊唐軍的作戰也沒有好處，請將軍閣下網開一麵。”袁世凱本想執法如山，處決胡作非為的日軍，以防日軍日後再惹禍。
但轉念一想，在國家發生叛亂的時候，日本派兵相助，現在還未開戰就和日軍鬨得很僵，一旦唐軍得到消息，很有可能趁虛而入。
就問道“山縣將軍打算怎麼辦？”山縣有朋答“隻要不殺，任憑袁將軍處置。”袁世凱說“每人打四十軍棍，以示懲戒。”山縣有朋表示同意。
三天後，村民們按照約定，來到聯軍司令部門前，袁世凱下令將五個胡作非為的日軍士兵拖出來當著村民們的麵重打四十軍棍，但村民們認為袁世凱袒護日軍，要求處決殺人凶手，袁世凱解釋了半天，村民們就是不買賬，山縣有朋見狀，命令日軍對天放槍，以驅散民眾。
這些情況被潛伏在上海的共和軍特工發現了，他們立即用加密電報向總部報告情況。
聯軍在既合作又互有提防的情況下，準備迎擊共和軍的進攻。
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