當一切都仿佛再次陷入了平靜後，李默在靜室中查看著手環中的資料，忽然看到了從貝爾摩藥物研究所的資料庫中下載的資料中有著自己的名字，有些疑惑又有些猶豫的點擊虛擬屏幕。一則關於自己的基因提取記錄出現在了屏幕中，而資料的最後顯示實驗尾聲發生了意外，端木花鈴小姐的領域出現了異狀，所有參與手術的人員全部死亡，被提取人李默在手術後安然無恙的離開，而對於基因的利用也沒有提任何的去向。
李默心中的疑雲越積越厚，他深知想要揭開這一切的真相，必須儘快與馬濤取得聯係，甚至是想要見一見玲花。於是，他毫不猶豫的給馬濤掛去了通訊，隨後用著命令的口吻告訴馬濤，他們必須要見一麵，然而馬濤的反應卻出乎他的意料。通訊的那頭，馬濤的聲音顯得有些猶豫和吞吞吐吐，這與他平時果斷乾練的形象大相徑庭。李默敏銳的察覺到了其中的異樣，心中的懷疑更甚，甚至覺得這次的事件也許正是無畏科技教派所為。然而他還是沒有發作，甚至在沒有確鑿的證據之前，任何猜測都可能是錯誤的，尤其知道了亞曆山大的名字，但是對於玲花的態度，他還是希望可以親自確認。
就當李默準備繼續調查並采取相關行動的時候，馬濤突然主動來到了天星基地內找他，最後馬濤的表情十分嚴肅，帶著李默來到了天星基地外不遠處的一個隱秘的會所中。當他們進入到一個包間時，李默驚訝的看到了玲花的身影，正當他想要詢問這一切的時候，卻發現玲花的眼神有些躲閃，似乎在隱瞞著什麼。當馬濤離開包廂後，李默儘量的控製心中的疑惑和憤怒，淡淡的看著玲花，深吸了一口氣後，決定以冷靜的態度麵對玲花。“玲花，我需要你給我一個解釋。”李默的聲音堅定而有力。玲花沉默了一會兒，似乎在整理思緒。然後她緩緩開口，開始講述目前無畏科技教派內的改變，以及亞曆山大已經作為新一屆的教主，對於阿道夫的事件她也是剛剛知道，至於背後的原因還需要她接下來去調查。她的聲音平靜而從容，仿佛是在敘述一個與她無關的故事，然而隨著她的講述，李默的臉色越來越凝重，並且玲花表示一定會給李默一個交代，無論他現在決定要對無畏科技教派要開始任何行動，她都不會阻攔。
李默看著玲花，眼神中仿佛在思索著玲花的話，不是他不相信，隻是對於玲花的態度十分的疑惑，隨後淡淡的又問道：“提取我的基因是你的主意？你想要做什麼？”語氣中帶著一絲不耐煩，玲花聽後知道他一定是誤會了自己，可是有些事她還不想告訴李默，正在猶豫時李默又繼續問道：“亞曆山大搶奪了你的主教之位，難道你就沒有任何對策？這可不像我所了解的你的性格！”玲花無奈的看了一眼李默，知道如果不能解釋清楚這一切，這一次也許李默真的會走向自己的對立麵，隨後輕輕的抿了抿嘴後說：“你能不能冷靜點？你就那麼不相信我嗎？”李默頓時被問得啞口無言，隻是重重的吸了一口氣仿佛想要自己繼續保持冷靜。玲花仿佛終於做了最後的決定對李默繼續說道：“好了，我不想騙你。關於提取你的基因的事情確實是我做的，但是我有我的理由，暫時還不能告訴你，請你理解，我可以向你保證絕對不會利用你的基因去做傷害你及你的親朋好友的任何事。我不是你的敵人，永遠都不會是，你的身份我也絕對會保密，請你放心！”李默愣了愣後說：“什麼身份？我不是擔心這個，我本來是怕亞曆山大已經將你控製了，對於基因提取的事，你不願意說，我知道你肯定有你的理由，這個沒什麼！”玲花看著李默呆呆的模樣噗嗤一笑後說：“你身份的事，千年的老怪物啊。開始我還以為我是老牛吃嫩草，沒想到真正的老牛是你！”李默頓時明白了玲花的意思，也突然想到基因的變化會讓自己的身份暴露，之前他從未想到過這一點，頓時不好意思的撓了撓頭說：“你沒事就好，什麼老牛不老牛的，我的事既然你知道了，隻要你願意我回頭全部告訴你。不過，現在亞曆山大和無畏科技教派的事情，你到底在籌劃什麼？”玲花看了一眼李默後，決定把一切都告訴他。
隨著玲花的訴說李默明白了一切。矩陣傳說一個源自古老文明的神秘概念，隨著歲月的流逝逐漸演變成了一個傳說，甚至成為了無畏科技教派的教義。他們認為世界是被高等文明映射出的中一種虛擬和現實結合的世界，人類都是真實的，而其中的一部分動物也是真實的，但是更多的動物是虛擬的，乃是月球作為一個超級機器照射到地球。就像是投影儀將地球作為了一個巨大的投屏熒幕，將現實和虛擬進行混合，甚至將人類的世界分成了不同的維度進行互相印證來觀察著人類這種生物的發展。他們認為月球就是被製造出的一部巨大的儀器，而和月球進行信號連接和定位的就是地球上的八個機器，這些機器承擔著信號接收器和存儲器的作用。接收器隻負責接受和反射信號，而存儲器負責維持信號的主要設備並且將接受到的任何格式的信號加以轉換，更重要的作用是進行存儲記憶，以至於出現偏差或者不可阻止的差錯時進行回檔的作用。玲花還提到了上一次他們在胡夫金字塔之下的發現，李默也親眼看到了金字塔之下巨大的機器，而無畏科技教派隨著更加深入的研究，他們認為地球上的八台機器已經損壞了七台，隻有一台仍然運轉。教派認為，這些機器的損壞並非偶然，而是受到了地球本身自發抵抗的影響。這些外星機器對地球雖然產生了深遠的影響，一方麵它們的存在為地球帶來了先進的科技，推動了人類文明的進步。另一方麵，這些機器也帶來了一些無法預測的後果。根據教派對於已發現的機器的研究，這些機器的存在可能改變了地球的磁場和地質結構，導致了一係列自然災害的發生。然而當深入的了解那些機器的運轉模式以及作用後，他們更加確認，有著一股更加神秘的力量正在潛移默化的利用地球上尤其是人類產生的一係列的負麵情緒正在每時每刻修複著那些已經壞掉的機器，甚至引導著人類產生各種各樣的負麵情緒。
無畏科技教派的目的就是找到最後那個運轉的機器進行破壞，這樣人類真實的世界才能顯現，當世界的真相被揭開之後，那麼人類才能擁有最終的自由，也將真正的成為這個世界的主人。玲花的父親端木若愚就正在進行著最困難的尋找工作，他們利用對於那些機器中所包含的技術逆向研究，得到了一種最佳的定位方式，那就是利用月球上的反饋信號來尋找著隱藏在地球上的那些機器，並且他一直在秘密的進行著，甚至不惜將自己送上了月球親自負責尋找的任務。當獲取到反饋信號後進行定位並將獲取到的大概方位傳送到地球。玲花並沒有任何隱瞞的告訴李默，胡夫金字塔之下的機器是他們利用這種方法找到的第五個機器，可是很遺憾，加上之前找到的四個也都是壞掉的。他們需要繼續利用這種方法找到剩餘三個機器的位置，隻有找到那個依舊在運行的機器將之毀掉也將完成了整個教派幾代人的任務。
目前已經到了非常關鍵的時刻，因為五個壞掉的機器已經被他們牢牢掌控並且將那些已經找到的機器進行不可逆的損壞，可是仍舊發現這個世界中存在著一股特殊的能量，這股特殊的能量就是由人類所產生的各種各樣的負麵情緒組成。這些能量正在對壞掉的機器進行著修複，甚至因為他們損壞了其他五個後，那些特殊的能量也十分準確的洞察到那些機器的狀況後開始消失。他們認為這種消失也許代表著特殊能量洞悉了他們的目的，而全部轉移到了剩餘的三部機器中的已經壞掉的另外兩部中去加大恢複的速度。如果剩餘的這三部機器全部恢複之後，那麼想要找到並且摧毀將是難上加難的事。因此端木若愚包括玲花自己隻能全身心的投入到這項更重要的計劃中，而對於那些已經偏離了軌道的教派中的勢力，他們選擇放棄，這也是他們做出的最終選擇。
教派的發展曆史已經存在了幾百年，對於教派內出現這種偏離軌道的勢力他們早已做好了準備，甚至早已做出了應對的措施，隻是沒有想到會因此讓李默發生誤會。尤其通過這一段時間的觀察和調查，玲花覺得亞曆山大的目的也許未必是針對李默的，甚至也許亞曆山大隻是一個擋在背後勢力前的盾牌，也許他所控製的教派也都是如此。而李默也並非是他們的目的，也許李默在其中的角色也隻是一個意外闖入棋局的棋子。李默聽著玲花所說的一切後，心裡終於算是鬆了一口氣，但是對於玲花所說的這些內容，還是有些舉棋不定，因為這一切太瘋狂了，如果他們所說的全是真的，那說明自己生活的那個年代也不是真實的世界，也是虛幻和現實結合的世界，隻不過那時的虛幻和真實結合的很美好，並且人類的科技還不能對其產生影響，隻能愚昧的生活其中。
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