所以對於中旨簡拔入閣的官員，整個文官集團從整體利益出發，自然是極力反對的。
而被簡拔的官員，為了整個文官集團的利益，也多是堅辭不受，鮮有遵中旨入閣者。
久而久之，廷推入閣便成了選拔高級官員的唯一渠道。
不過此次廷推，朱由檢稍微做了一點改動。
分完籌子後，王承恩便將大臣們領到了偏殿，然後再依次進大殿投籌。
如此，大臣之間究竟投了誰，互相也就無法考證了。
此舉，既可真實的反應投票人的意願，避免被道德綁架，又可為官員結黨增加信任成本。
將公開投票，改成無記名投票，雖然隻是朱由檢做的一點小改動，但卻為以後改變朝堂政治規則，埋下了伏筆。
一炷香的時間，眾官員投完籌子，又返回了大殿。
眾目睽睽之下，王承恩打開三個木箱，然後開始公開唱票。
最後，孫承宗得籌二十七支，韓爌得籌二十三支，薛鳳翔得籌十二支。
孫承宗和韓爌得籌，均超過了半數。
朱由檢對這個結果很滿意，便當場擬旨，擢二人入閣。
對於這個結果，眾人也沒有異議。
孫承宗是先帝之師，又是東林領袖，入閣是題中應有之意。
韓爌是前朝首輔，後又受閹黨迫害，魏逆被處決之後，官複原職也是應該的。
所以，此次廷推並沒有在朝野上下掀起大的波瀾。
叩闕事件之後，隨著孫承宗和韓爌兩位老牌東林黨的入閣，東林黨在高層官員中便有了話事人，之前的那些毫無章法的小動作也銷聲匿跡了。
這自然也是朱由檢願意看到的。
內閣輔臣充實到六人之後，朱由檢便給六人做了分工。
孫承宗主管兵部以及九邊事務，韓爌主管戶部、禮部以及賦稅之事，李國普主管刑部、大理寺及督察院等諸衙事務，張瑞圖主管工部，施鳳來主管吏部，黃立極抓總，主持內閣事務。
同時，朱由檢還對內閣的決策機製進行了改革。
改革後，內閣諸臣對於各自負責之事務，擁有獨立票擬權，但遇個人難以抉擇之事，亦可請首輔召開內閣辦公會議，內閣諸臣共議。
若議之不決，由內閣首輔主持票決，諸閣臣一票，首輔雙票，依票決結果，由內閣首輔形成集體票擬。
而且，朱由檢為了減輕自己的壓力，還將每日朝會改為每月一次，日常事務改為僅由內閣諸臣參加的小朝會決斷。
每日巳時，朱由檢在乾清宮主持召開小朝會，內閣諸臣依次彙報各自票擬之事務，朱由檢現場披紅。
如遇不決之事，亦可與內閣諸公共議，必要時擴大至六部九卿參加。
另外，為了增強內閣的辦公效率，朱由檢還增加了內閣辦公人員的數量。
每位內閣輔臣下，配一值房司，每一值房司設都秘書郎一名、左右秘書郎各一名、書密四名。
八人服務一個內閣大臣，朱由檢覺得應該可以了。
此外，朱由檢還為每位閣臣配備供奉太監兩名，一來掌管內閣諸臣及秘書郎衣食起居，二來自然即是耳目了。