這些新到任的艦隊總管、副總管，一個個剛直不阿，從不貪墨，這樣一來，那些原先的船長之類的將官便對這些新來的官員極度不滿，常常陽奉陰違。況且艦隊之中，尚有不少調查院的探子，所以，那些人也就不敢怎麼樣。
這樣的情形一直持續到貞觀末年，李世民病重的消息傳到南洋艦隊。這消息一傳來，南洋艦隊先是一陣嘩然，接著反而安靜下來，靜靜的等待著事情的發展。
接下來，李世民病逝了，李治繼位了，整個帝國依舊像以前一樣繼續運轉著，一切都沒有改變，該繳納給中原的財物一樣沒少。那總管和副總管等人依舊是鐵麵無私，不講情麵。
終於，在永徽三年的時候，以艦隊司馬為首的心存異誌的艦隊將官和艦隊總管發生了一場激烈的爭吵。爭吵之中，司馬憤怒之下，竟然拔刀刺傷了總管。
麵對著艦隊總管怨毒的眼神，這人乾脆一不做二不休，一刀砍下了艦隊總管的腦袋，接著，帶著身邊親兵突襲副總管、長史等多人府邸，將其一一斬殺。最後，那些已經暴露身份的調查院探子也被儘數斬首示眾，當然，還有探子沒有暴露身份。長史將一眾人血淋淋的腦袋挨著傳看每一艘戰船，若有出言抱不平者，立刻斬殺。
在這樣的血腥手段之下，整個艦隊很快便被司馬等人控製。而此時，當初的一萬三千名士卒，減至萬人。
司馬燒毀了除了戰艦的所有船隻，斷絕了南洋與大唐的聯係。帶著艦隊在席卷了呂宋的財富之後，往婆羅洲駛去。他要往南走，避開大唐的清剿艦隊。
一樣以來，直到永徽四年的時候，南下的商船才發現，呂宋地區，已經沒有大唐艦隊的影子了。
從當地土人的口中，他們得知了南洋艦隊叛亂的消息。
此事一出，朝廷震驚。
李治憤憤不平，本欲立刻發水師征討，然而，卻是被長孫無忌和張文允等朝中文武齊齊勸住。這南洋水師，雖說割地稱王，阻絕航路，損了大唐的顏麵，然而，南洋水師諸將士，皆是一流的水軍，精通水戰，遍觀整個大唐，隻有大唐萊州水師能與之抗衡。這萊州水師，多是參加過當年攻打高句麗一戰的水軍士卒。不過萊州水師監視新羅百濟，未敢輕動，隻能分出一半的兵力前來，隻有五十多艘船隻，六千多官兵，對戰南洋水師，頗有不如。於是，此事也隻有暫時擱下，反正這南洋水師並未攻擊大唐本土。況且此時大唐正在西域同西突厥交手，雖然規模不大，但也牽動人心。
這一拖，便一直拖到顯慶二年蘇定方領薛仁貴、蕭嗣業等人滅亡西突厥。
李治的年號比較駁雜，起先是永徽，用了六年。永徽六年的時候，武媚娘被冊立為皇後，故第二年改元顯慶。從顯慶二年滅亡西突厥，朝廷騰出手來，便開始收拾這南洋艦隊。
這一仗，一打，便打了三年。
其間，蘇定方任安西都護，領軍進攻羊同；程咬金任青海道行軍大總管，令五萬大軍從吐穀渾出發，進攻吐蕃。從永徽四年開始，一直到顯慶二年，西突厥滅亡，再到顯慶六年，也是龍朔元年，整個西域、青海、吐蕃，炮聲未曾斷過。
待龍朔元年滅亡吐蕃、羊同、唐旌之時，大唐已經連續打了八年的仗了。這八年來，滅亡西突厥及昭武諸國，還有吐蕃，使得自貞觀十九年至永徽四年這近十年時間積攢下來的財富揮霍大半，國庫一下子癟了不少。
顯慶二年，張繼被張允文塞到了戰船之上，送到了剿滅南洋叛軍的艦隊之中，開始了長達三年的海上生活。而張繼，在海上也確實表現不錯，經過兩年打拚，終於得到艦隊總管的承認，掌管了一艘戰船。
如今的大唐戰船，雖然亦是海鶻戰船的樣式，但是，火炮已經被成功的搬上來戰船，作為最有力的進攻武器。正是這種裝備火炮的戰艦，在和南洋叛軍正麵對抗之時，大敗之。不過南洋叛軍憑借著地利優勢和與當地人的密切關係，一直和唐軍周旋著。
如今，張繼對麵的那十餘艘戰船，便是叛軍的最後軍力。
“瞄準——放！”隨著張繼宏亮的吼聲，七八門火炮再次噴出來一道道火舌來。
顯慶五年，南洋叛軍悉平。朝廷於南洋置南洋道，設十七州。選派按察使、州刺史，直接將其納入大唐疆域之中。
對外的一係列輝煌勝利依舊掩蓋不住朝廷內部的權力鬥爭，從永徽四年開始，一係列權力爭鬥在大唐內部上演著。