而褚遂良趕緊上來為長孫無忌幫腔，說道：“陛下，微臣亦認為此事尚有未解之處，如謀反之時如何發動，何人以作呼應，等等，所以，還請陛下下令，重審此案！“
見到這種情形，張允文隻好讓王玄策、張文瓘等人出麵，反駁長孫無忌和褚遂良。由於李治聽信張允文話語在先，所以，李治對於長孫無忌和褚遂良的話語不以為然。
最終，房遺愛等人被判流放嶺南，遠沒有達到長孫無忌想要的效果。
至此，長孫無忌恨上了張允文及其身邊之人，一有機會，便大加攻擊。
一年之後，李治在朝會之上，提出立武媚娘為皇後。這個建議遭到了王家官員為代表的山東士族和長孫無忌的激烈反對。朝中，隻有身為武媚娘義兄的張允文明確支持。就連張文瓘的態度都是模棱兩可。
但是，有張允文在外朝為其張目，而後宮方麵，武媚娘的手段又沒的說，幾次下來，直讓李治立武媚娘為後之心，更加堅定了。
到永徽六年初，李治終於不顧群臣進諫，將武媚娘推上皇後之位，將原來的王皇後貶為庶人。
而那些反對李治立後的大臣，褚遂良等長孫無忌黨羽被李治流放嶺南，斷了長孫無忌的左膀右臂。
當詔書發出之時，長孫無忌看著李治，眼中帶著絲絲悲涼和欣慰。從那天之後，長孫無忌逐漸讓出了一部分權力，看著自己提拔的親信被李治一個個外調，又從外麵調來一些年輕而陌生的人，充實各部門。
武媚娘登上皇後之位後的兩年，便令許敬宗等親信構陷長孫無忌無忌等人，準備將長孫無忌黨羽一網打儘。
這時候，張允文再次出麵，在武媚娘麵前保下了長孫無忌。說殺長孫無忌對與武媚娘而言，有百弊而無一利，上位之後，即殺長孫無忌，讓李治和眾朝臣如何做想，豈不是會認為她武媚娘不過一心胸狹窄之輩，到時候，不滿之人，恐怕更多！與其如此，不如放過，給朝臣和眾世家留下好印象，以穩皇後之位。反正現在長孫無忌的權力正在一點點被李治收回。最後，還請武媚娘能效法長孫皇後，做一代賢後。
聽了張允文的話語，武媚娘沉吟片刻，終是答應下來。
於是，長孫無忌最終留下了一條命來。
長孫無忌倒台之後，一大批年輕的官員被提拔上來，很多官員都是李世民留給李治的。李世民在世的時候，常常在李治麵前提起某些官員，雖然那時候他們不過是州縣小官，但是，李世民卻是一一指出，那些官員可以做何事，任何職，隻等李治繼位之後，將他們加以提拔便是。
所以，迄今為止，李治提拔上來的大批官員，皆是年紀不過四十，在州縣鍛煉了數年、數十年的能吏。在這些人的扶持之下，李治管理起這個帝國來，更是得心應手。一股朝氣在朝野隻見彌漫開來，就如同這曆三代，不足五十年的大唐一樣。
接著長孫無忌倒下的機會，武媚娘開始參與朝政了。張允文知道，像武媚娘這種權力欲極強的人，是不可能做到長孫皇後那般置身朝政之外的，所以，張允文也沒有勸誡武媚娘，不使她參與朝政。況且，這武媚娘洞察力極其敏銳，正值嗅覺十分靈敏處理國事來，駕輕就熟，很多問題也處理得極其恰當。其“政啟開元，治宏貞觀”之評價可不是虛的。
李治有自家老婆幫著處理政事，也倒是清閒了不少。
為了更好、更有效率的處理朝政，大批傾向於武媚娘的官員被提拔上來。這些人多是寒族出身，如李義府、許敬宗、崔義玄等人。這直接打擊了士族門閥勢力。
不過這一切與張允文沒什麼關係了。在武媚娘任皇後，保下長孫無忌之後，他便少參與朝中之事了。如今，他的注意力卻是落在了一個從西方遠道而來的人身上。