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沈飛請來秦九韶本來是打算讓他參與設計改進宋代係和明代係的各種武器，沒有想到和黃藥師與秦九韶一說自己的一些戰車和配合火器的戰術思路，秦九韶先提出了對於戰車的改造意見，給了沈飛很大的啟發。
明代首先建立車步騎營作戰的是俞大猷，譚綸曾奏議中承認“能儘車戰之法，實惟俞大猷一人，即臣與戚繼光皆自以為不及”，俞大猷得知要在北方建立車步騎營，也搜集了曆代戰車樣式，按自己的經驗修改，讓工匠製作成小模型送給譚綸作參考。
俞大猷在大同建立車步騎營取得戰果以後，後來也在京營建立車步騎營，和戚繼光相同的是，兩人都主張戰車和火器同用，以戰車阻擋騎兵，以火器殺傷敵軍，攻守兼備。不同的是俞大猷製作的戰車是正廂車，車廂在正麵，利於進攻。而戚繼光製造的戰車是偏廂車，車廂在側麵，利於防守。火器輪番洗地加近戰鴛鴦陣肉搏擊潰敵軍以後，騎兵出動追擊殲敵。
沈飛是打算采用戚繼光的編製和戰術，卻也和秦九韶提了一下正廂車的作用，商量是不是也建立了一個正廂車營輔助作戰。秦九韶經過思考卻提出可以改造戰車，車廂檔板改成可以活動，加一個轉軸就可以，按作戰需要，隨時轉變車廂檔板的位置，防守時檔板在側麵就是偏廂車，需要進攻時把車廂檔板轉移到正麵就是正廂車。就像房間開門和關門一樣，關門時門在正麵，開門時就到了側麵，沈飛一拍腦袋，這麼簡單的設計之前居然沒有想到，趕緊下令改建。又和秦九韶商量了一下，為了利於進攻，增加機動力，增加了一個車輪，成了三輪車式，方便戰車行進和轉彎。
那支仿“潑喜軍”的機動速射投石機部隊，經過和秦九韶黃藥師及一群工匠商量和反複實驗，取消了配重，采用了希臘式的扭力彈簧發射，也設計成浮臂式減小體積，重量不到五十斤，裝卸方便，也就取消了駱駝，一個人就能抬著走。三個人操作一台，兩人絞盤，一人裝彈點火發射。發射的鐵殼火球射程一百步，這個射程還不如騎兵營裝備的虎蹲炮，作戰時當然也是布置在車城中用作野戰，也和虎蹲炮一樣騎兵下馬操作使用。
沈飛現在勢力已成，辦事也就少了一些顧忌。除了四川的井鹽生意，已經開始聯絡山東的楊妙真，實行在第一個世界就乾過的煮鹽，還是技術入股和楊妙真瓜分利潤。即便被蒙古人學會技術也不怕，沈飛的技術隻是比市麵上的鹽稍好一些，且不說北方沒有幾個靠海可以煮鹽的地方，即便效仿，隻需要用氯化納飽和溶液多衝洗幾遍晶體就能獲得數量和質量都更多的鹽，叮囑楊妙真采取饑餓營銷策略，控製出貨量保證利潤，萬一被彆人學去了技術再稍微提高一些產量和質量。賺取的利潤陸續購買了陝西、甘肅地區的河曲馬逐漸運回襄樊戰區。除了經商，沈飛也通過楊妙真這條線搜集蒙古方麵的情報。
武林中人，書院和葵花衛以外，沈飛倚重最多的就是黃藥師，也用交換桃花島武功的名義把全本《九陰真經》給了黃藥師，不僅商量武器的研發，還把一些軍事戰術思想和黃藥師交流，使黃藥師成為一個重要的作戰參謀，沈飛的計劃是黃藥師必須具備取代自己指揮全軍的能力，耶律齊和沈飛的幾個親傳弟子也都是軍事上重點培養的人才。
原因是新修版通過梅超風的回憶寫了黃藥師的身世和反宋思想，黃藥師祖上是宋朝開國公侯，在五絕中家世僅次於南帝。祖父是宋高宗年間的禦史，因為多次上書並且掀起民間輿論營救嶽飛被高宗和秦檜殺害，家屬流放雲南，“他從小就讀了很多書，又練成了武功，從小就詛罵皇帝，說要推倒宋朝，立心要殺了皇帝與當朝大臣為嶽爺爺跟太師祖報仇”，是政治上和軍事上最可靠的盟友。
歐陽鋒出身西域，和南宋更沒有關係，他雖然已經是孤家寡人，但是專門培育毒物和生化武器，對自己的幫助之大僅次於黃藥師，沈飛也把五寶花蜜酒的配方共享給了他，和他一起敲定了加入新的毒物使功效翻倍的新藥酒配方，經過歐陽鋒同意，沈飛也把化屍粉加入了車騎營火器的專用火藥裡增加威力。
蛇類生長到成熟一般需要兩三年，菩曲斯蛇這類異蛇則要慢一些，五年才能長成，山穀中原來有菩曲斯蛇200多條，再過一年數量就能翻倍，五彩雪蜘蛛倒是已經有了三十多隻，沈飛隻是取了毒液和蜂蜜釀製新版藥酒，蜘蛛繼續留給歐陽鋒培育繁殖。本來沈飛曾打算和歐陽鋒商量把蛇毒也摻進火藥裡，轉念一想，蛇毒涉及歐陽鋒的核心機密，而且中毒後能把人變成半喪屍化流毒無窮的效果過於恐怖，火器是要批量製造的，萬一這種火器流出一批到了敵人手裡對付自己人就大大不妙了，最終打消了這個念頭。火器裡摻的還是霍都的毒釘，李莫愁的冰魄銀針這類配方比較“常規”的毒藥，雖然霍都的毒釘蒙古人可能有解藥，可是在戰場上也是來不及解毒的。
洪七公在追殺藏邊五醜時雖然也讓丐幫弟子在陸家莊大會上傳話秉持忠義舍身抗擊蒙古，不過當時丐幫弟子互相議論的話裡的意思也說南宋朝廷官員不可靠，抗擊蒙古還要靠他們自己。而且洪七公外號“北丐”，丐幫的勢力主要也是在北方，本人也曾經潛入南宋皇宮偷吃美食，從這些跡象也能推斷出洪七公和丐幫都並不重視南宋政權。慈恩曾經的政治立場當然更甚，但是他們除了武功是五絕級的以外，其他方麵的才能和黃藥師比起來相差太遠，除了武林中的事沈飛基本上不會麻煩他們。
雖然增強戰鬥力的主要思路是加強火力覆蓋，不同射程的火器梯次打擊，但是敵軍接近時奇兵出車進行近戰肉搏的戰術也需要進行考慮。近戰的主要思路是用腰刀和夾刀棍砍馬腿，敵軍落馬後用長槍、鏜鈀、鉤鎌槍刺殺落馬敵軍，這種戰術也和嶽家軍破拐子馬的戰術一脈相承，在小說中也能找到幾個例子，一些江湖上算不上高明的地躺類武功往往會有奇效。《天龍》裡蕭峰遭遇遼國叛軍圍攻時使用過這種武功，《鹿鼎記》裡林興珠講述當年對付紅毛兵時也用過這種武功砍人腳的戰術。
沈飛是精通刀法和棍槍的，黃藥師也專門為傻姑自創過易學的三招魚叉法，魚叉和槍鈀都是刺擊類的武器，招式也能相通，就聯合設計了一套簡潔的近戰武功傳授給奇兵練習配合近戰。每一個車兵都是既操作火器也兼用冷兵器的多麵手。
在改裝戰車過程中，先進行個人訓練火器打靶和武功搏殺技巧，三個月以後戰車改裝完成，就開始按編製由小到大進行營陣訓練了，校場訓練和出城野外訓練各占一半。為了保密，對一部分武器縮減的威力，投石機扔出去的鐵殼火球用了南宋官方版本，或者乾脆就是石彈。仿黑爾火箭的戰鬥部不裝或少裝火藥，改成了同等重量的沙土，變成了“教練彈”，試驗仿黑爾火箭射程也是用這種“教練彈”，對外宣傳說大威力火藥需要加入珍稀藥物，配製不易，數量有限。
除了武林中人，在官方和民間沈飛也悄悄開始了布局，或者通過呂氏兄弟的官方關係排擠打擊異己，或者通過葵花衛及外圍勢力暗中下手，把一些成事不足敗事有餘的家夥直接免官或者乾脆暗中除掉，比如後來逼反劉整的俞興，反正這類人現在還遠沒有到位高權重的地步，提前拿下也不會引起多少波瀾，賈似道穩固地位的高光時刻都要到1259年的鄂州之戰，也就是小說最後襄陽大戰那一年。像謝枋得、文天祥、陸秀夫這些人，也提前查訪悄悄地收進書院裡。
黃蓉雖然是丐幫的“前幫主”，也可以利用丐幫的情報網絡搜集一些江湖上的消息，察覺到了沈飛的一些動作，馬上就猜出了沈飛的意圖，和郭靖一商量，就找到了沈飛直接詢問沈飛是不是有踢開甚至取代宋室的意圖。
沈飛也沒有隱瞞，直接承認了，說“宋室在百多年前就拋棄了北方國土和漢人，北方早就已經沒人懷念宋室，至於南方，黃島主年少時的誌向，黃幫主不會不清楚吧？郭大俠的父親也是死於宋將段天德和完顏洪烈勾結。當初去軍營見忽必烈時郭大俠說為保護百姓而戰，不為昏君奸臣所用，我也一樣。現在隻是作些準備，清除一些於戰事不利隻會拖後退的蛀蟲，在打垮蒙古之前，我是不會對宋室出手的。二位既然猜到了，明白就好。不要泄露風聲，否則我隻能提前動手了”。
郭靖和黃蓉聽了這話沉默了一陣就離開了。話既然已經說開了，沈飛也找來了完顏萍、黃藥師、耶律齊和幾個親傳弟子，把自己的這個意圖提前在小範圍裡和他們通了氣，獲得了眾人尤其是黃藥師的大力讚同，沈飛也把三屍腦神丹解藥給了完顏萍，兩人共同掌控葵花衛，承諾事成之後會給予徹底滅殺屍蟲的解藥。
轉眼五年過去，這幾年四川戰線，開采出來的石油也多次被用於軍事，戰術很簡單，就是用各種木盆、木捅把石油潑到敵軍中再扔各種火器，加上沈飛暗中傳播過去的加了料的火藥製作的火器，蒙古攻擊四川的大軍傷亡比曆史上慘重了好幾倍。最意外的是，這一年蒙古大汗蒙哥親自統帥大軍圍攻四川嘉定（樂山），被多枚加了料的鐵殼火球擊中受傷，過了幾天中毒太深死了。消息一經傳出，南宋士氣民心大受鼓舞。蒙哥居然提前七年掛了，地點也改成了嘉定而不是釣魚城，這個也讓沈飛很意外，不知道算不算是幫了忽必烈一個大忙。
通過楊妙真打聽了一下，原來這一仗蒙古大軍的統帥本來是汪德臣，忽必烈建議由他率領一支大軍先攻大理，再前後夾擊四川，蒙哥覺得這個計劃很好，增加了兵力，親自統兵進攻四川，才和汪德臣雙雙死於嘉定城下之戰。沈飛暗歎雖然不是在釣魚城，這兩個還是沒有改變同死的曆史宿命，忽必烈提出這個兩麵夾擊的作戰計劃多半就沒安好心，也是這個作戰計劃確實有理，否則也說不動蒙哥。又過了一年，餘玠在四川還是突然去世。沈飛知道這又是一個難以拉攏的曆史大佬，就沒有提前對他的那些政敵下手，暗中一聲歎息，指示葵花衛除掉在四川與餘玠有過節的姚世安，安插自己影響控製的人填補了這次政治鬥爭的空缺位置。
從楊妙真那裡打聽來了消息，本來這一年忽必烈是要統帥大軍進攻大理背刺四川的，因為蒙哥突然戰死，就放棄要回去爭奪汗位了，沈飛知道忽必烈果然是忽悠蒙哥的。不過這個攻擊大理的計劃倒是和曆史上的時間吻合，曆史上大理被攻滅是在1253年，小說裡則是在最後襄陽大戰前不久，大理國滅時正是襄陽英雄大會魯有腳遇害，耶律齊當選新幫主，小說最後的情節提前上演，大理算是逃過了一劫。沈飛估計忽必烈奪取了汗位重整旗鼓卷土重來時就是自己和他的最終碰撞了。隻是不知道時間會不會還是小說裡的襄陽大戰，曆史上的鄂州之戰，1259年。