兩個月以後，沈飛進行了第一次總部搬遷，搬到了南京。原因自然是準備登基稱帝建都，雖然有楚威王和秦始皇先後埋黃金鎮壓龍氣的典故，後來有很多人因此想挖黃金發財，結果金子沒挖到，反而泄了地氣的傳說，導致建都南京的政權都比較短命。
三國的吳、東晉，南朝宋、齊、梁、陳、太平天國、中華民國都是這樣，隻有明代經曆了永樂遷都，可是沈飛卻還是選擇了定都南京，而且以後也不打算遷都。一是因為這個世界不存在什麼“龍氣、王氣”之類的玄幻東西，二是因為明朝曆史的慣性。
最重要的是第三點，因為從宋代開始精華地區已經從北方轉移到了南方，從內陸轉向了海洋。南京是有出海口的，完全符合要求。皇宮雛形的初步營建還需要兩個月完成，消息已經散布開去，新朝國號為“明”，這讓明教中人很受鼓舞，各項準備工件都在進行。
不過在這之前，還有一件事情要做，就是要清除掉“元遺”分子，去除曆史後患。或者更加確切得說，是要清除金國入侵中原以來三百多年來華夷觀念淡漠甚至顛倒，漢人的習慣性奴才心理。
沈飛看到過史料，金國在侵占中原以後，從天會四年（1126）開始就如後來的的滿清一樣實行“剃發易服”，多次下令占領區百姓“即歸本朝，宜同風俗”、“削去頭發，短巾左衽”，否則“即使猶懷舊國，當正典刑”、“禁民漢服及削發，不如式者死”。
《建炎以來紀年要錄》記載了很多百姓因為穿漢服或者頭發樣式不符合金人規定而被殺害的例子，到南宋乾道年間（1170），宋使範成大出使金國時，他的著作筆記中記載見到北方過了淮河直到汴梁的百姓裝束已經普遍沒有了漢人特征。
金國實行“剃發易服”有一條還超過滿清，那就是不隻當時的人，甚至波及了古人的衣冠，淳熙年間，宋使陳益道經滹沱河畔光武廟，“見塑像左衽”，就連慶幸過“微管仲，吾其被發左衽矣“的孔子也沒有幸免，開禧二年1206，嶽珂跟隨宋軍北伐至漣水，見軍學宣聖殿“像設皆左衽，相顧浩歎”。
這種現象經過朱元璋洪武年間大力整改以後還沒有完全絕跡，永樂八年濟南、宣德七年河南、正統十三年山西都有官員報告文廟聖賢塑像“左衽”，要求整改的記錄。
蒙元時期的公服是右衽，這屬於官員製服，與民族無關，除此之外在服飾上沒有強製要求。不過元軍南下時一些投降迎接的漢奸為了討好蒙古人主動打扮地和蒙古人一樣，後來的“南人”為了討蒙古人歡心方便升官也普遍在生活習慣上效仿蒙古人。
據鄭思肖記載“願充虜吏，皆習蒙古書，南人率學其字”、“今南人衣服、飲食、性情、舉止、氣象、言語、節奏，與之俱化，唯恐有一毫不相似”，就是說蒙古人雖然沒有強製，卻塑造了提倡生活蒙古化的環境，幾十年下來，也起到了和“剃發易服”同樣的效果。
除了服飾上的變異，更加嚴重是觀念上“華夷之辨”的逐漸消滅甚至顛倒，宋朝是因為民族對峙，對這方麵曾有過警惕，北宋政府就多次下令，禁止民間穿戴“釣墩”、氈笠之類的契丹服飾，南宋時更加嚴格，紹興二十一年，趙構下令禁止市井娛樂中的胡服、胡樂。
可是這些隨著蒙古入侵全部消失甚至顛倒了，1274年蒙古侵宋檄文稱“先謂吊民而伐罪，蓋將用夏而變夷”，投靠蒙古的無恥文人徐世績、孟祺為了蒙古滅宋獻賀表稱南宋為“島夷”、“三苗”、“蠻夷”。
甚至有理學正脈傳承背景的劉因誇耀蒙古攻宋“殺伐武功”的《渡江賦》裡稱“蠢爾荊蠻，何癡而狂”，連文人都是這樣，像張弘範這樣的武將屠夫寫出《過江》詩“磨劍劍石石痕裂，飲馬長江江水竭。我軍百萬戰袍紅，儘是江南兒女血”，也就不足為怪了。
這種情況在明初進行過大力整改，洪武初年尚賓館副使劉夏1314—1370指出“內中國而外夷狄，此天地之常理，人倫之大義。今天下汙染日深，雖學士大夫，尚且不知此意。今後中原府州司縣官，固當用衣冠署事，又召彼土一二父老，賜以冠巾，使北方之人，漸知華夷之辨”。
明初強調“華夷之辨”思想最強烈的學者是方孝孺，激烈程度起碼在外麵表現上已經超過了朱元璋本人，根本不承認蒙元政權的合法性。後來經過了土木堡之變，外患愈加嚴重，越來越多的學者著作中強調起了朱元璋“驅除胡虜，恢複中華”的曆史功績。
何喬新（1427年1502年）《皇明條法事類纂》強調：蓋自胡元入主中國，衣冠變為左衽，正音轉為侏離，彝倫攸斁，人儘胡俗。仰惟太祖高皇帝用夏變夷，肇修人紀，掃胡元之陋俗，複華夏之淳風。去異服，而椎髻不得以亂冠裳之製；禁異言，而胡語不得以雜華夏之音。有餘百年，國不異政，家不殊服，斯世斯民複見唐虞三代文明之盛，實我列祖之功也。
而這種思想體現地最激烈的要數成化年間陸容《菽園雜記》裡的論述，隻保留在上海圖書館的明刻本中，滿清刻本被刪去了：
蒙古氏入主中夏，固是大數，然人眾亦能勝天。當時若劉秉忠、許衡、竇默、姚樞、姚燧、郝天挺、王磐輩，皆宋遺才也。使其能如夷、齊之不食周粟，魯仲連之不帝秦，田橫與其客之不臣漢，龔勝輩之不事莽，則彼夷狄之君，孤立人上，孰與之立綱陳紀製禮作樂，久安於中國哉！
然則元君之所以盤據中國九十餘年之久，實中華之人維持輔翼之而然也。秉忠輩蓋隨世功名之士，許公自負為聖賢之學也，而亦為夷主屈耶！春秋之法，尊中國，攘夷狄，魯、齊於夷狄，勢固不能攘，不仕如劉因可也，吾於是不能無責備焉。
這段話直接指責了為蒙元效力的一大娜耍啤傲醣搖⑿硨狻Ⅰ寄⒁κ唷⒁蕁⒑綠焱Α⑼蹠捅玻運我挪乓病保綣揮興俏指ㄒ恚筒換嵊小霸耘歎葜泄攀嗄曛謾薄?
可是上麵列舉的這些人絕大部分都是北方漢人，郝天挺連是否漢人都存疑，都在“不能無責備”的抨擊之列，像劉因那們隻是極短時間出任過蒙元官職，後來一直“不仕”被認為必須謹守的底線，可見其思想之激烈。
這已經類似於錢學森的堂侄，美籍華人科學家錢永健在獲得諾貝爾化學獎後表示“血統不能決定身份，我是美國人”而在網上引起非議一樣。
“華夷之辨”源自春秋時期，經過明代重建到王夫之的完善本來是非常成熟清晰的區分民族和文明程度的理念，可是經過滿清統治和後來外國含糊不清的“民族國家”觀念的傳入衝擊支離破碎，這個惡果的起因其實是朱元璋認同的蒙元政權的正統合法性。
蒙元既然被視作正統合法政權，明清之際大量投靠滿清的漢奸就有了曆史先例為借口，而且隨著外敵入侵這個惡果越來越嚴重。蒙元滅宋時，叛宋為蒙古效力最重要的人物還隻是一個地方將領劉整，到了明清之際，已經有了中央核心決策層洪承疇的背叛。
到了現代的抗戰時期更加厲害，國家的二號人物汪精衛投敵，哪怕算上林森這個擺設也是三號人物。假設以後又有一次外敵入侵再一次放大這個效果，恐怕就該舉國投敵，沒有光複之日了。
回想著那些令心痛心憤怒的曆史，沈飛決定從源頭上扼製這種趨勢，就從絕不承認蒙元政權合法性，清理“元遺”分子開始。這就有了一個問題：朱元璋為什麼要承認蒙元的合法性？
朱元璋政治出身是紅巾軍反元韓宋反元政權，“驅除胡虜、恢複中華”固然在辛亥革命時還在抄襲，可是韓山童的“虎賁三千，直抵幽燕之地。龍飛九五，重開大宋之天”，也是被太平天國的東王楊秀清抄襲，他原本有更好的選擇，就是繼承紅巾軍韓宋政權的法統。
曆史上朱元璋已經在作這個準備了，最明顯的一點就是朱元璋親自帶兵救出了韓林兒。汴梁被察罕特穆爾攻陷以後，劉福通帶韓林兒撤到了安豐，被張士誠背刺領兵攻擊，朱元璋救了他。
韓林兒的唯一作用就是可以和平完成政權交接，一個曆史上玩過無數遍的禪讓程序，就可以讓朱元璋繼承韓宋政權稱帝，根本不必鬨出反元起家的朱元璋承認蒙元的合法性的烏龍。
如果不是這樣的意圖，朱元璋大可以按兵不平，讓韓林兒被張士誠殺掉，根本沒有朱元璋的責任。即便朱元璋過河拆橋，事後還是要殺掉韓林兒，也可以做得更加隱蔽一些，毒酒的把戲，曆史上也玩過無數遍，再謹慎些用慢性毒藥，幾年時間無聲無息死掉，能做到毫無痕跡。
在完成禪讓程序之前，接回韓林兒的半路上，廖永忠鬨了一出瓜步沉舟，用最明顯無法遮掩的謀殺方式，讓韓林兒翻船淹死，這根本不符合朱元璋的利益和行事邏輯。
《明史》中朱元璋本人的口吻指出廖永忠是受了“儒者”的指使暗示，普通的“儒者”絕沒有對廖永忠的這種影響力，極可能是朱元璋集團裡的重要謀士，而且是有過在蒙元為官經曆的人，沈飛見過現代文章分析，劉基就是最大的嫌疑人。
劉基這麼做的目的就是讓朱元璋攤上說不清楚的弑君罪名，強迫朱元璋徹底和紅巾軍韓宋龍鳳政權切割，承認蒙元政權的合法性，承接蒙元法統，這樣像劉基這樣曾經在蒙元出任偽職的人才能洗涮掉漢奸的曆史汙名。
曆史上元末文人絕大部分是“元遺”分子，朱元璋被這樣狠狠擺了一道以後，雖然被迫接受，卻也作出強烈的反擊。首席謀士劉基隻撈到一個伯爵，修《元史》承認蒙元合法性，指責反元起義為“賊”、“紅寇”的宋濂、高啟等人都被朱元璋找借口殺掉。
左東嶺著作中就指出朱元璋對曾經仕元的文人極為嚴苛，對下一代成長起來的解縉等人卻非常寬和。現在沈飛已經多年布置下了暗線，準備好了“釣魚執法”，要是“元遺”分子還想這麼乾，就是找死了。