郕王朱祁鈺即帝位為明景帝，於謙進去回答皇上的問話，情緒激昂地哭著提出意見。
對於他的意見，皇帝全都認真地接納了。
明景帝於次年十月命令謙負責全部軍馬的調動，而也先部隊挾持著上皇攻下了紫荊關，長驅直入，直指京師。
石亨提議不出城迎戰，通過一直防守使敵軍疲憊。
而於謙並不讚同他的提議，認為對方輕視我方，沒必要先一步示弱。
最終於謙選擇出門迎戰，他分彆調遣各個將領和二十二萬名士兵在九門外擺開陣勢。
並且將兵部的事務交給了侍郎吳寧，再把各城門全部關閉，自己親自督戰。
於謙下令無論是將領還是士兵，隻要退卻就格殺勿論。
這道命令杜絕了將士們退縮的可能，使他們拚死抵抗敵軍的進攻。
這場戰役結束之後，負責守衛彰義門北麵的副總兵高禮、毛福壽還俘虜了敵方的一個頭目。
明景帝非常開心，下令讓於謙可以組建一支聽從自己調動的軍隊，同時安排太監興安、李永昌協助於謙共同管理軍務。
也先帶領部隊深入時認為攻占京城隻是時間問題，但看到明朝軍隊不像他想象中的那麼低迷，於是感到泄氣。
這時候已經叛變了的宦官喜寧教唆他以明英宗為人質，要求明朝大臣用黃金和絲織品來迎接他們的太上皇。
之後又要求於謙及王直、胡等人出城和他們談判，但這些要求全都被明朝拒絕了。
也先部隊偷襲德勝門後，於謙指揮幾個騎兵引誘敵軍到西直門，支撐到京師援軍趕來，也先部隊選擇撤退，其前鋒部隊也在彰義門被擊退。
也先又指揮部隊攻打京城北土城，居民們選擇爬上屋頂用磚石投擲敵軍和軍隊合力作戰，最終擊退了敵軍。
也先部隊在京城保衛戰中失利，拿明英宗要挾明朝的計謀也失敗了，迫於明朝各地部隊即將趕到的壓力。
也先選擇帶著明英宗通過良鄉往西撤退，於謙派遣軍隊追擊也先直到居庸關才撤軍。
於謙因為在京城保衛戰中立功被明景帝提拔到少保的職位，讓他總管監督軍務。
於謙認為自己不應該受到這樣的嘉獎，於是堅決推辭，但皇帝還是嘉獎了他。
之後於謙指派軍隊對真定、保定、涿州、易州等地進行駐軍把守。
並上奏請求派遣大臣鎮守山西，以防瓦剌的再一次南下侵犯。
“景泰元年三月，萬全被三萬敵軍包圍，總兵朱謙上奏求援，範廣受令擔任總兵官帶領軍隊進行援助，將敵軍擊退。”
“之後於謙便提出在居庸關駐紮軍隊，守衛京師的安全。”
“也先派遣使者與朝廷議和，大同參將許貴將此事上報給朝廷，不少人有所鬆動。”
“但於謙不同意此時求和，還發出文書譴責想要求和的人，穩定軍心，使邊境的將士們都主張堅守作戰。”
“同年八月，也先在與明朝的作戰中失利，於是想要將明英宗送回。”
“瓦剌將明英宗送回後便請求朝貢，瓦剌是使者每次入朝時都會帶著俘虜，這些俘虜都是之前被瓦剌擄走的明朝人民。”
“於謙選擇宴請使者，用金錢等贖回他們，前後共同贖回幾百人。”
“於謙主持兵部工作時，不僅也先的勢力正在擴張，而且地方勢力也在不斷出現。”
“就算在戰局緊張，難以預測的戰場上，於謙也隻需要口述奏折之後就可以給出應對方法，並且正確快捷。”
“於謙的同僚和下屬在感到驚訝的同時，也都對他無比的敬佩。”
“同時，於謙也重視紀律的嚴明，一旦有官員不遵守法度，無論對方是誰，於謙都會立刻上書請旨來責備他們。”
“於謙也從來不提明英宗回來這件事是自己的功勞。”
“景泰三年，明景帝改立太子以後，命令凡是兼東宮太子宮屬者支取兩份俸祿，隻有於謙堅持一再推辭。”
“於謙本人居住的房子僅僅能夠做到遮蔽風雨，皇帝賜給他西華門的府第。””
“於謙覺得國家多難，臣子不應該享受這些。”
“於是堅決推辭，但皇帝還是賞賜給他府邸。”
“之後於謙就把皇帝之前給他的璽書、袍服之類的賞賜全部封存在皇帝賞賜下來的府邸裡。”
“於謙所議論奏請的事，明景帝沒有不采納的。”
“皇帝想要任用一個人時，一定會事先詢問於謙對這個人的看法。”
“於謙也會實事求是地回答，不妄加評論也不會有所包庇，也不會避開與他存在嫌疑怨恨的人。”
“因此那些不稱職的人都怨恨他，沒有受到皇帝這麼信任的人都嫉妒他。”
“當敵軍撤退之後，都禦史羅通就立刻上奏章彈劾於謙登記的功勞薄存在不實之處。”
“禦史顧曜彈劾於謙專權，乾預六部的大事。”
“於謙根據祖製反駁他們，戶部尚書金濂也上疏為他爭辯，但還是有人去不斷收集材料用來彈劾他。”
“各禦史多次用苛刻的文詞上奏彈劾於謙，景泰帝卻力排眾議，依舊相信任用他，使於謙得以儘量實現自己的計劃。”
董小宛：於謙一心為公，兩袖清風的千古楷模。
於謙為人正直堅毅，他鄙視某些軟弱無用的官員和那些靠著權勢的達官貴人們，導致很多人暗自記恨他。
又因為於謙自始至終都不讚成與敵軍講和，所以上皇心裡對他並不滿意。
徐珵因為提出遷都南京而受到了於謙的斥責，因此開始記恨他。
於謙請求皇帝原諒石亨違犯軍紀的罪行，使他免去了削職的懲罰，並且讓他一起管理十營兵。
但石亨由於忌憚於謙不敢肆意妄為，所以也不喜歡於謙。
德勝門一仗的勝利，使石亨得到了世襲侯爵的嘉獎。
但他覺得自己的功勞不如於謙，受到嘉獎之後覺得內心有愧，於是上疏推薦於謙的兒子於冕。
之後皇帝下詔讓於冕到京師，於謙認為於冕不應該因為是自己的兒子而受到石亨的推薦，這樣子不能服眾，於是推辭。
都督張輒因為征苗時不守律令，被於謙彈劾，和內侍曹吉祥等都記恨於謙。
景泰八年，石亨和曹吉祥、徐有貞迎接明英宗恢複了帝位，向朝臣宣布消息之後，就立即把於謙和大學士王文逮捕入獄。
誣陷於謙等人製造不軌言論，想要另立太子，意圖謀反。
又彈劾他與太監王誠、舒良、張永、王勤等人策劃迎接冊立襄王的兒子。
石亨等人指使都禦史蕭維禎審判定罪，於謙背上了謀反的罪名，被判處死刑。
明英宗原本猶豫是否要處死於謙，但是在徐有貞的勸誡下最終將於謙處死於鬨市並棄屍街頭。
之後抄了於謙的家，他的家人都被充軍邊疆。
一時之間，所有想獲得皇帝寵信的人都將於謙作為話題來討好皇帝。
遂溪的教諭吾豫說於謙的罪理應受到滅族的懲罰，各文武大臣凡是被於謙所推舉過的都應該處死。
刑部堅持原判，他這才停止了上奏。
千戶白琦又請求寫上於謙的罪行，並在全國公布。
於謙被抄家的時候，他的家裡甚至沒有多餘的錢財，隻有家中的正屋被鎖得嚴嚴實實。
打開正屋之後，發現裡麵都是皇上賜給他的蟒袍、劍器等賞賜。
於謙死的那天，陰雲密布，所有人都認為他是冤枉的。
曹吉祥的部下中有個叫朵兒的指揮，他把酒潑在於謙死的地方祭奠他並且非常難過的哭泣。
曹吉祥知道這件事之後很生氣，於是鞭打了他。
但第二天朵兒仍然將酒潑灑在地上，表示對於謙的祭奠。
都督同知陳逢被於謙的忠義感動，收斂了他的屍體。
過了一年之後，於謙的養子於康把他的屍體帶回杭州，葬在西湖南邊的三台山上。
皇太後最初不知道於謙已經死了，是後來才知曉的，聽說了之後連著幾天都在為他歎息哀悼，明英宗也感到後悔了。