二月初十，郭英見朱大能一意孤行，帶領兩千七百名京軍騎兵先行撤退。
大能見獨力難支，過了幾天後，也隻好開始組織撤軍。
因為要掩護心向大明的回鶻、葛邏?各部先行撤退，一直到二月底，大能才率領大軍到達姑墨城，也就是後世的阿克蘇。
沙哈魯見明軍持續撤退，以為明軍彈儘糧絕，帶領三萬大軍千裡追擊，結果又被大能在姑墨河畔殲滅近兩萬，隻好又帶領殘部逃回疏勒。
大能心裡又燃起了重新西征的希望。
這時，曹楚材突然來到姑墨，傳達了遼王的命令，郭驥率步兵第一團和一個炮兵連，再就地招募兩千騎兵，負責屯守姑墨和龜茲兩城，所有彈藥均留給郭驥；其餘人馬由朱大能帶到吐魯番與主力會合。
麵對這突如其來的變化，朱大能連忙問曹楚材：“我們已經自行籌集了不少糧草，還可以再堅持兩個月，為何要撤軍？”
曹楚材答道：“遼王也準備進軍伊犁河穀，突然連續收到朝廷班師回朝的詔令。”
大能又問：“難道是朝廷上也出了秦檜這等奸臣！要是那龍椅上的老朱也學趙構。遼王可不是嶽飛，我可不會學牛皋，張石也不會學張憲。大不了咱們也來個‘清君側’！”
曹楚材哭笑不得，隻得繼續解釋：“太子出了意外，遼王要奉旨回京，行前特意讓我給你帶了個錦囊，你看後便知。”
朱大能連忙接過來打開一看，原來隻是一張紙條，上麵隻有八個字：“千年大計，速歸遼東。”
自去年九月份郭英率領京軍騎兵精銳增援西域後，老朱又陸續收到靖江王重傷、耿璿等秦府護衛騎兵全軍覆沒的噩耗。遼王也送來自請革去親王頭銜的奏報。
老朱病情再度惡化，軍國大事全交由太子處置，把太子給累了個夠嗆。
到了十二月份，就在朱大能率領大軍遠征疏勒的時候，老朱經過兩個月的調養，又加上遼王從天山發回一係列捷報的刺激，身體漸漸好了許多，開始過問起軍國大事來。
這不過問還好，一過問可把老朱嚇了一跳。
定遠侯王弼竟然違抗聖旨，沒有救援遼王，反而帶了楚王的武昌左右兩護衛去了四川，配合涼國公藍玉平定月魯帖木兒叛亂去了。
老朱本來就對藍玉花了大半年時間也沒能平定月魯帖木兒心生懷疑，這下更加懷疑這背後有什麼陰謀。
原來為了儘快平定月魯帖木兒，老朱不僅同意太子的意見，將藍玉放了出來，允許其戴罪立功，還將本已開拔到甘肅的三衛京軍劃歸藍玉指揮。
可是這個藍玉老是推三阻四，借口兵力不足，逡巡不進。
太子隻好又作主征調了蜀王的成都中護衛給藍玉指揮。
結果這個藍玉不進反退，讓月魯帖木兒這夥烏合之眾快打到了岷州，把剛之國的岷王嚇得要死。
太子又作主把岷王剛成立不久的岷州中護衛以及王弼帶領的武昌左右兩護衛人馬悉數交給藍玉指揮，最終總算消滅了月魯帖木兒的主力。
老朱說了，軍國大事俱由太子決斷，太子征調蜀王、岷王護衛增援藍玉，他可以不管。可是讓王弼帶兵救援小十五畢竟是皇帝的聖旨在前，太子的諭令在後！他還不管嗎？
老朱心裡尋思，太子沒譜，難道你王弼心裡也沒譜嗎？
他一怒之下，將隨藍玉班師回朝、準備領賞的王弼給下了詔獄，交由錦衣衛審訊。
王弼為了保命，交代說：“這次帶兵南下主要是受大將軍藍玉慫恿；藍玉告訴我，皇帝已時日無多，要早作打算，幫助大將軍就是幫助太子……”
老朱本來就對藍玉近年來不聽使喚心存疑慮，一聽這事不僅扯出藍玉，甚至又牽扯到太子，更是火冒三丈，將藍玉也扔進了詔獄。
太子連忙跑去為藍玉和王弼求情，卻被老朱罵了一頓：“是藍玉重要，還是自己的弟弟重要？王弼心裡沒譜，你這個當哥哥的心裡也沒譜嗎？
太子委屈地辯解：“遼王朱植是弟弟，岷王朱楩也是弟弟！”
老朱馬上質問道：“小十八打不過，可以跑回內地，四川和陝西還有兵馬。小十五孤軍深入，萬裡遠征，如果敗了，你讓他往哪裡跑？”
應該說，無論從父親的角度，還是皇帝的角度，老朱的話都還是十分有道理的。
太子本來在外巡視奔波一年，回來又忙著處理一大堆政務，被老朱這麼一罵，心裡更加委屈。
他於是繼續辯解：“兒臣已把秦、晉、燕、肅四王府的護衛都調歸十五弟指揮了，回京時又把身邊最後的府軍衛人馬也都給了十五弟。父皇還想讓兒臣怎麼辦？”