就在三代火影猿飛日斬還在苦苦支撐的時候，他最得意的弟子給了他最致命的一擊，大蛇丸進行人體實驗的事情被曝光，最要命的是他使用的素材還是木葉村內的人。
正當木葉內部進行大換血，許多年輕一代登上忍界這個大舞台的時候，木葉內部的局勢也越來越詭異，時不時就會有失蹤。
這也就算了，到最後找到這些人的時候人已經沒氣了，最令人震驚的是這些人十分的淒慘，仿佛受到了各種刑具一樣，讓人不寒而栗。
明眼人一眼就知道他們為什麼會這樣，人體實驗，腦海中會不由自主的想起一個人，那就是大蛇丸。
偶爾一兩件還好，可是發現的次數多了，就壓不住了，村內流言四起，而且輿論完全不受控製。
主要原因還是大蛇丸與誌村團藏之間鬨得不愉快，誌村團藏在高層博弈中一直處於被動挨打的地位。
波風水門這個四代目對於根部並不感冒，尤其是根部對待人柱力的態度上更是讓他厭惡，如果不是心在權力不夠，被三代目阻攔，波風水門一定會打壓根部的活動空間。
而長老團內部，彆看他們幾個合起夥來對抗猿飛日斬，可猿飛日斬的政治智慧高出不止一籌，不可能獨自一人麵對一群，而且選擇打壓一個，拉攏其他人。
因此，誌村團藏對於實力的提升更加上心了，而作為他合作的對象，他對於大蛇丸的實驗進度非常不滿，從一開始好言相勸到最後的惡語威脅。
隻可惜他選擇錯了對象，他麵對的可是冷君大蛇丸，他可不是優柔寡斷的猿飛日斬，直接正麵硬懟回去，占不到半點好處。
就連中斷實驗室資金跟實驗材料的下作手段都使用上了，隻可惜，大蛇丸並不買賬，反正有沒有根部合作都一樣，他的實驗照樣進行。
最後沒辦法了，誌村團藏隻能捏著鼻子認了，直到大蛇丸的柱間細胞實驗無意中成功了一例，被命名為天藏的少年覺醒了木遁。
除此之外，還有許多的柱間細胞實驗數據，這些都是珍貴的數據，是根部無數忍者傾儘全力都拿不到的數據，都被大蛇丸給弄出來了。
眼看大蛇丸沒什麼進展了，又或者說大蛇丸對柱間細胞的實驗沒有什麼興趣之後，為了逼迫大蛇丸跟他繼續合作，又或者想解決掉大蛇丸，從而削弱猿飛日斬一係的實力，根部來說將大蛇丸的實驗素材換成木葉內部人員。
反正根部的栽贓陷害挺拿手的，隻是他並不知道此時的大蛇丸對於木葉已經失望透頂了，唯一的信仰也因為自己的老師猿飛日斬掐斷，隻剩下了唯一的念想，永生。
翻閱了無數的手劄筆記，最終大蛇丸將目光轉移到了靈魂上，經過了無數實驗，最後大蛇丸發現木葉已經限製了自己的實驗發展，因此產生了脫離木葉的想法。
因此當他發現根部的一些做法之後，當做不知道，實驗照樣進行，因為他知道，即使他不這樣做，這批人照樣活不了，還不如廢物利用，好歹能幫他一些忙。
火影大樓，誌村團藏將大蛇丸進行人體實驗，殘害木葉同胞的消息告訴了猿飛日斬，當然波風水門也在場，隻是對此抱有懷疑的態度。
三代目得知這個消息的時候心亂如麻，畢竟大蛇丸可是他的得意門生，沒想到居然會走向這條不歸路。
因此他決定親自出手了解這一切，並且謝絕了根部一起出動的請求，隻帶領暗部的一部分人前往大蛇丸的實驗室。