木葉50年6月22日，波風水門成為木葉第四任火影。
與原時空不同的是，水門不再是誰的傀儡，也不再被誰左右。
新時代的開始也標誌著新政治格局的開啟。
接下來就是木葉的權利的重新分配。
首先是火影顧問團的成立。
自來也、日向日足和奈良鹿久成為了新顧問團成員。
其中自來也是被迫的，他當顧問長老的條件就是玄武不會暗中做掉猿飛日斬。
至於玄武和綱手，他倆對這種東西全無興趣，任憑水門如何請求，就是不加入。
接下來是火影的直係力量，暗部。
旗木朔茂重新走馬上任成為暗部部長。
旗木卡卡西被任命為火影護衛隊隊長，貼身保護水門安全。
原先死忠於猿飛日斬的暗部成員將被逐步剔除，重新按比例從各家族和平民中挑出一批忍者，由旗木朔茂統一訓練後充實暗部。
這些新加入暗部的成員中，有一人的身份極為特殊，那就是宇智波鼬，他不僅成了暗部，還成了火影護衛隊成員，頂頭上司就是卡卡西。
關於宇智波鼬入暗部一事，水門特地征求了玄武的意見，想讓他把把關。
玄武的回複是：你是火影，你說了算，愛咋咋滴，我不管。
得，白問。
思前想後，水門還是把鼬納入暗部，他不是三代火影，容得下宇智波，也真心希望最後的宇智波能真正融入木葉。
不過相對於顧問團的順利成立，暗部改革就不是那麼一帆風順了，三代火影的掣肘讓暗部權力交接相當磨嘰，這也沒辦法，隻能慢慢來。
第三，成立根部。
此根部非彼根部，沒有訓練暗部、監察村子等各種權利，它的任務隻有一個，那就是刺探其他各國情報，相當於木葉放出去的眼睛。
因為這件事不怎麼光彩，萬一暴露很有可能引起國際糾紛，所以根部成員不從木葉村招募，而是由自來也的後花園撫子村以及玄武的私人基地草忍村、瀧忍村和鬼燈城出。
根部首領是自來也，所收集到的情報由他統一接受，再傳給水門。
這樣一來好處多多。
根部沒有木葉成員，就不用擔心像以前的根部那樣尾大不掉，嚴重分散村子內部力量。
萬一根的人暴露，敵國就算查也查不到木葉這裡，這樣既不影響村子形象，又不怕對方得到村子內部情報，兩全其美。
當水門有什麼臟活累活不方便村內人處理時，可以交給根部。
第四，重新成立木葉警備部隊。
宇智波被滅族的這些年，村子內部治安明顯變差，平民們的日常生活受到很大影響。
猿飛日斬因為要備戰三戰才沒有騰出手處理，現在三戰打完了，恢複村子穩定必須提上日程。
新木葉警備部部長由宇智波富嶽擔任，畢竟他以前乾過，對這些業務還挺熟的。