到達百代市的小智一行人，在參觀百代博物館的時候遇上了盜竊事件。
“鈴——”尖銳刺耳的警報聲傳遍整個百代博物館。
小光道：“發生什麼事了？”
小剛道：“是盜竊嗎？”
小智無奈道：“是那三個學不乖的人，我們去看看吧！”
小剛和小光在小智的帶領下，找到拿著金剛寶珠的火箭隊三人，喵喵裝扮成了向日花怪。金剛寶珠是神奧地區的神獸時空雙神之一帝牙盧卡的專屬增強絕招威力的道具。
在神奧的時空傳說中，掌管時間的帝牙盧卡和掌管空間的帕路奇亞，在神奧的各個地區都有跟這兩隻有關的遺跡或者是古代神殿流傳至今。
小光怒道：“火箭隊，你們把東西還來！”
武藏道：“既然被三號小丫頭識破就沒有辦法了！我們華麗大盜的身份明明很完美的！”
小光吐槽道：“你們那種蹩腳的偽裝，識不破才是眼睛有問題了！”小光說話毫不留情。
小次郎讚同道：“話說我們最近的偽裝是有些偷工減料了！”
武藏道：“不管了，想要抓我們，不可能！飯匙蛇，使用黑霧！”
武藏派出飯匙蛇使用了黑霧三人趁機逃了，黑霧散去，小光和小剛想要去追，但小智卻道：“他們跑不掉的，這裡已經被包圍了。”
警車的鳴笛聲，由遠及近已經完全把百代博物館團團包圍住了。
君莎小姐帶著一隻臭鼬噗找到了小智三人，問道：“剛才與那華麗大盜對戰的就是你們嗎？”
小智拿出了自己的證件道：“被偷走的是金剛寶珠！這裡現在我來負責！”
君莎小姐恭敬遞回小智的證件道：“小智搜查官，您能提供幫助，我們很感激。”
“真是不敢相信，你們說犯人使用的是草係寶可夢？”菜種的聲音響起，她也剛好來到了百代博物館，在門口圍觀的人口中聽說犯人是帶著向日花怪的二人組，就很是生氣。菜種對草係寶可夢的熱愛還是一如既往啊！
“咦？這不是小智博士、小光和小剛......”菜種看到了小智三人正想要打招呼，小剛就竄了上去。
小剛滿眼都是愛心，道：“菜種小姐，這是命運的重逢！多麼令人懷念的草的香味，與你在百代森林中度過的日子......麻掉了！麻了！”
小剛被不良蛙放倒，晃晃斑拉走，一氣嗬成！
菜種這才能好好跟小智打招呼，道：“小智博士、小光好久不見，你們已經找到可怕的甜蜜了嗎？”
小光道：“是的！”
君莎小姐押解著尚誌來到了小智他們的麵前，道：“小智搜查官，我們抓到一名可疑的男人！這個男的自稱是寶可夢吟遊詩人，帶著毒薔薇和向日花怪，怎麼看都很可疑！”