返回苑之鎮寶可夢中心的小智一行人，在救出了帥哥、武藏和小次郎後，時間也已經晚了，所以便決定在寶可夢中心休息一晚，第二天再出發。
小智三人當晚，同時做了一個夢！在一個五彩繽紛、色彩斑斕的空間中，亞克諾姆、艾姆利多和由克希在小智三人的麵前現身了，隻是很快這個彩色的世界被黑暗吞噬，一團黑影將三隻寶可夢整個的吞噬。
此時他們同時從夢中驚醒，小智道“小剛、小光你們剛才也做夢了吧！亞克諾姆它們有危險了！”小智突然感受到了亞克諾姆的危險，他道“我們立刻趕去立誌湖，銀河隊對亞克諾姆動手了！”
路上小智直接撥通了竹蘭的電話，告知了立誌湖的事情，竹蘭告訴小智現在在立誌湖的是小茂。小智再次撥通了小茂的手機，這次看小茂能拖多久了。小智三人直接從空間中直接到達了立誌湖湖畔。
天剛蒙蒙亮，立誌湖的上空出現了銀河隊的飛艇，歲星下命令道“立刻下降高度到500，準備投擲銀河炸彈！”
小茂接到了小智電話後，就發現了銀河隊。小茂向山梨博士的研究所彙報道“山梨博士，這裡立誌湖的小茂，銀河隊開始行動了！我先前往拖延！”
山梨博士博士這邊立刻聯係了心齊湖的勇造和睿智湖的芥子蘭博士。小茂這邊正欲行動，鎮星的毒骷蛙從背後偷襲了小茂，小茂電擊魔獸接下了毒骷蛙的惡之波動，因此也沒有後續繼續戰鬥的能力。
小茂收回了電擊魔獸，派出了月亮伊布和水箭龜，水箭龜已經完成了超級進化，鎮星一個人就將小茂牽製住了，他無法騰出手去救亞克諾姆。
銀河炸彈已經被獵人j投入了立誌湖中，亞克諾姆從立誌湖中現身了！
小茂道“這是什麼？”
鎮星道“我來解釋一下吧！這是銀河炸彈，是從帷幕市的隕石能源製造出來的。可以將空間炸出巨大的開口的炸彈。亞克諾姆並不是像傳說中的就住在湖中，而是在以湖泊為形式存在的通往異空間的門中。一直注視著我們的世界！”
亞克諾姆現身後，睿智湖和心齊湖中異空間之門也開啟了。
亞克諾姆在銀河隊的強大攻勢下已經被銀河隊已經捕獲成功了，小智三人來晚了一步，亞克諾姆已經被帶走了。
不過跟小茂交手的鎮星就沒有這麼好的運氣了，小智的皮卡丘直接將毒骷蛙廢了，隨後趕到了君莎小姐將鎮星帶走，送進了監獄。
小智道“小茂你沒事吧！”
小茂傲嬌道“你看我像有事的樣子嗎？隻是那個叫鎮星的寶可夢太難纏了。”
小智道“既然沒事我們現在就去天冠山！銀河隊的目的地就是在天冠山！”
他們同時點了點頭，下一刻一行人就出現在了天冠山。
天冠山上，火箭隊意外又與帥哥彙合了，帥哥對火箭隊三人道“你們也來了！現在的天冠山整個都在銀河的監視之下，說不定他們早就已經發現我們的行蹤了！”
竹蘭道“他們已經知道了！”竹蘭也趕到了天冠山，她聽到了帥哥的話。
帥哥擔憂道“竹蘭小姐，神奧三湖中的寶可夢”帥哥聽小智說過目前銀河隊的目標是三湖中的亞克諾姆它們，竹蘭出現在了，是不是就意味著銀河隊已經得手了？
竹蘭道“小智他們晚了一步！現在相信他們也正在往天冠山趕。”
帥哥嚴肅道“隻希望他們來得及！”
槍之柱，傳說中阿爾宙斯就是在這裡創造了騎拉帝納、帝牙盧卡以及帕魯奇亞。借助小智的波導之力達到天冠山的小智四人，也很快與帥哥以及竹蘭彙合。
此時的銀河隊總部中，冥王正在把紅鎖鏈的石頭用在控製三聖菇身上。紅鎖鏈被放置在了三聖菇的額頭上，紅光如波浪般蕩開，三聖菇同時痛苦的叫出了聲。正在槍之柱外的小智三人的頭突然一陣疼痛，小智三人居然被瞬間移動了！下一秒就出現在了三聖菇的麵前。
冥王笑道“果然成功了，帷幕市的隕石果然是阿爾宙斯創造星球的碎片！裡麵充滿了神明的力量！”
赤日笑容滿麵的看著被完全控製的三聖菇，他的理想要實現了！
竹蘭他們見小智三人突然消失，也明白了是三聖菇的召喚。
竹蘭和帥哥他們按兵不動，繼續守在了槍之柱這裡。小智三人見到三聖菇被控製之後也開始了動手，胖丁出場就瞬間放倒了一群大嘴蝠。但是三聖菇卻跟在了赤日的身後，離開了！
赤日手上的手套正是用紅鎖鏈製造的。