小智的計劃就是用這顆光明石的替代品引魁奇思出現。
不多時，等離子團的安潔帶隊就將整個發掘營地給包圍了。老紅豆杉博士將光明石護在懷中，艾莉絲和天桐保護著他走出了遺跡。
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此時阿克羅瑪已經操縱控製寶可夢的裝置將在白色遺跡進行工作的泥偶巨人和修繕老頭等寶可夢都控製住了。
安潔道“搜查官我們又見麵了，還有n也是，將光明石交給我們！”
小智道“有我在，可沒有這麼簡單！”
艾莉絲和天桐道“還有我們呢！”
“出來吧，快龍！”
“上場了，我最優秀的岩殿居蟹！”
小智道“那我這邊就達克萊伊就決定是你了！”
阿克羅瑪將裝置對準了達克萊伊、快龍以及岩殿居蟹，小智道“快點將快龍和岩殿居蟹收回去！”
阿克羅瑪的目標一開始就是達克萊伊，被光線射中後，就猩紅著雙眼看著小智。
阿克羅瑪笑道“到此為止了！”
小智等人被等離子團的人以及寶可夢們團團圍住，等離子團用繩子將眾人都綁了起來。就在此時，魁奇思乘坐著飛行器來到了眾人的眼前。
魁奇思大笑道“不愧是阿克羅瑪博士製造的機器，連神獸都能控製了！小智搜查官，之前你讓我的下屬給我帶的話，我現在都還給你。忘記了自我介紹了，我就是等離子團的首領魁奇思！”
n憤怒道“魁奇思難道你又要犯兩年前的錯誤了嗎？你也看到了，召喚萊希拉姆的時候，發生了多麼可怕的事情！”
魁奇思道“我不會重蹈覆轍的！我現在已經擁有了寶可夢控製機和光明石，你阻止不了我的！”
魁奇思大手一揮，召喚儀式開始。隨著火焰升空，整個祭台變為了火焰的鮮紅色，陣法的紋路逐漸清晰。
隻是動靜越大失望越大，小智無聊的打了哈欠道“魁奇思，話說萊希拉姆呢？”
魁奇思難以置信道“不可能啊！那麼就再加上這個！”魁奇思拿出了一個黑白相間的三角體，最前端有個黃色的尖刺，這就是基因之楔。魁奇思將基因之楔放在了光明石的旁邊。
小智道“瑪夏多就是現在！”
從石台的影子中，瑪夏多現身了，它以迅雷不及掩耳之勢將基因之楔給搶了過來，等魁奇思反應過來的時候，基因之楔已經在小智的手裡了。
小智拿出了一個大師球，道“妄想控製神獸，說出來也挺搞笑的。靠那個機器啊，再花十年的時間也是白搭。達克萊伊動手使用黑洞！對了，忘記告訴你了，達克萊伊是裝的！”
達克萊伊一個巨大的黑洞就讓被控製的寶可夢和等離子團的成員都陷入了噩夢中。隻剩了下一個魁奇思和阿克羅瑪，阿克羅瑪那邊還有火箭隊三人要去報仇呢，小智根本不用擔心，他把玩著手裡的大師球和基因之楔道“接下來就是你的複仇時刻了！酋雷姆，就決定是你了！”
酋雷姆將基因之楔融入了體內道“小智謝謝你！魁奇思，我的力量本源好用嗎？”
酋雷姆步步緊逼魁奇思。
小智讓達克萊伊用精神強念將眾人身上的繩子都弄斷，n道“小智，為什麼達克萊伊沒有被控製啊！”
小智解釋道“我的達克萊伊可是跟帕魯奇亞和帝牙盧卡對戰過的，先不說它的實力很強，這種機器控製一般的寶可夢沒問題，但是神獸的數據可是沒有，而且神獸每一隻都不簡單！想要控製它們當作兵器，是不可能成功的！計劃也來到了最後了！”
魁奇思道“可惡！”
小智道“結束了哦！酋雷姆，轉變形態，使用冰凍伏特！”
小智話音剛落，暗黑酋雷姆登場，當然隻有魁奇思一個人被永久冰封，這種狀態他死不了也無法擺脫冰封了。
阿克羅瑪被火箭隊的三人綁了起來，機器則是被趕來的荷蓮娜和巴貝娜給毀了。火箭隊知道這機器不能控製神獸也對此沒有了興趣，毀了就毀了。
巨大的爆炸聲響起，控製寶可夢的裝置直接被毀去。達克萊伊解除了黑洞的控製，寶可夢們都恢複了原狀。帥哥先生提前聯係的君莎小姐以及國際刑警將等離子團全部打包帶走，又一個邪惡組織在小智的手上終結！
酋雷姆重新獲得了自己的本源力量後就回到了精靈球中，當初跟隨小智也隻是單純認可了這個人類訓練家，現在是真正的認定了他就是自己的訓練家了。
等離子團的覆滅，壓在n與荷蓮娜和巴貝娜身上的枷鎖也就消失了，n邀請道“荷蓮娜，巴貝娜，跟我一起去看看霧以外的世界吧！跟我一起去旅行，在這個現實的世界旅行！”
荷蓮娜道“要往哪裡去呢？”
n道“往理想的地方去！我想要找到將理想變為現實，自己能做到的事情！我需要你們的力量！”
n與荷蓮娜與巴貝娜去旅行了，為了實現人類理想的世界，小智三人目送他們離開，相信以後在某處還會再次相遇！
至於老紅豆杉博士聽說發現了新的冰之遺跡後，帶著挖掘隊的成員們馬不停蹄的離開
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