自劉建拿下各地後，開始組建新軍就成為了頭等大事。
陸軍第二軍，第三軍和海軍第三艦隊，十五萬正規軍正式組建。
各軍兵力由各輔兵之中抽調，將官由軍事學院加上立功者升遷而來。
不過這次擴軍整頓，劉建還引入了兩個新軍職。
第一個是直屬於參謀部旗下的參謀，參軍，除去參謀部旗下外，在所有營一級以上編製中也新增參軍，參謀兩職，采用派駐的方式，並由參謀部直管，級彆與各軍副職平級。
另一軍職是監軍。
不過和古時候的監軍不同，劉建的監軍以長史，司馬兩職替代。
長史由新設的長史部負責任命，司馬則由軍部負責。
不同的是司馬更多的負責協助主官指揮訓練，作戰及各種重大工作的安排，落實，除此之外，司馬還負責軍隊敵工工作，為軍隊提供作戰情報，還有保證軍隊隱秘和機密等等，而長史則主要負責後勤，組織和軍隊紀律及各種軍隊條令的落實，執行，另長史還負責敵軍心理戰，思想教育以及各軍思想，文化教育等等工作。
實際上在劉建的計劃中，長史和司馬兩職基本平分了後世政委的職責。
軍職上長史與軍事主官平級，司馬與副職高半級。
不僅如此，長史和司馬同樣以隊為單位向上設置。
每個隊新增長史，司馬兩人，曲，營，師同樣各增加兩人，營和師還各增加參軍一人，參謀數人。
軍一級長史，司馬其下又各增加副職數人，負責從旁協助長史，司馬開展工作。
不過這些職位雖然也有文官兼任，但劉建並未按照以文禦武的方式進行，而是全部授予軍職，軍銜，按照軍隊的方式進行管理，不同的是，這些屬於軍隊文職人員和乾部而已，說是文官，實際上稍有不同而已。
至於陸海軍主將劉興，劉秉，劉敬，劉續四人，從整編之後，便不再當任一線作戰主官，隻以陸海軍正副總督的身份主管各軍。
而原有第一艦隊，第二艦隊和陸軍第一軍的軍事主官則由原有各師及各大隊主官升遷當任。
當然這些新軍職主要是陸軍，海軍稍有不同而已。
就如海軍參軍，參謀，長史和司馬是以船為單位向上任命的，不同的是船隻根據船型大小不同，所設副職，副官數量不同而已。
不過海軍陸戰隊則完全照搬了陸軍建製和編製。
除去正規軍外，原有的巡警軍，警備軍，屯田軍，海警軍，護航軍包括扈從軍等等輔兵也進行了拆解，重組。
除去長史，司馬的設置外，武器裝備也進行了一場全方位的更新，除去扈從軍依然以冷兵器為主，配合部分震天雷和轟天雷外。
其他各輔兵則全麵換裝熱兵器，海警軍和護航軍也開始換裝海軍退下來的福船，廣船等海船及部分新式福船。
而各軍總人數劉建則嚴格控製在了六十五萬人的規模，扈從軍則為兩百萬人。
如此加上三十萬正規軍，劉建麾下大軍已有三百萬之巨。
雖然看似龐大臃腫，但實際上其中大部分是由扈從軍和屯田軍構成，扈從軍主要是為了有效管理土著民，而屯田軍則是為了在各地開荒屯田和衛戍。
未來這兩軍官兵均會脫下軍裝，轉為預備役，包括巡警軍，警備軍，海警軍劉建計劃未來某個時間將其正式整編為地方警察。
加上人口爆炸性增長。
如此軍隊臃腫問題便會徹底解決。
至於武器裝備，新的火銃廠，火炮廠，鋼廠，機床廠，鍛壓機廠，火藥廠包括船廠等也已在虎頭城，新杭州城，南興縣等地建造完畢，正式開工生產。
要不了多久，劉建便會擁有一支這個時代數量最龐大，裝備最齊全的全熱兵器軍隊。
訓練有素，裝備精良，紀律嚴明，思想先進，教育良好，文化高，有素質。
雖然正在參與作戰的軍隊，隻有三十萬人。