2308年，“第二次人蟲戰爭”。
停戰5年，蟲族再次來襲，《星河戰隊3掠奪者》劇情線開始。
原來，之前被活捉的那隻腦蟲，它其實是自願被抓的。目的就是想要從內部破獲人類的核心機密。它能通過心靈感應影響人的心智，其中就包括星際元帥安諾克（oaranoke）。被腦蟲洗腦後，星際元帥訪問了羅庫山星球上瑞科所在的機動步兵防衛營，此時的瑞科已經升任聯邦上校之職。陪同星際元帥同來的，還有不是初戀卡門的瑞科昔日女友蘿拉·貝克艦長（ctalobeck），以及晉升為將軍的瑞科曾經的下屬。星際元帥偷偷切斷了營地的供電，導致阻擋蟲族的電網失效，整個營地頃刻間被蟲族吞沒，死傷慘重。“羅庫山戰役”就在人類極其被動的形勢下打響，瑞科由於越權指揮被宣判絞刑，等待處死。星際元帥和瑞科的前女友乘坐戰艦逃離，中途卻被電漿蟲射中，不得不乘坐救生艙，緊急迫降在o1星球上。這一切全都在星際元帥的計劃之中。迫降以後，幸存者們發現通訊係統無法與總部進行聯係，於是就徒步尋找另一架迫降的戰鬥機。
在戰鬥機的位置，見到了蟲神（dbug）——畢罕科托（beheatyl），星際元帥稱之為“首腦之腦”。這隻與與行星地殼相連的大蟲子擁有高等智慧，並且可以通過人類之口，用人類的語言進行交流。蟲神也是由腦蟲進化而來。據說一旦成為蟲神，它就會將自己與整個星球相連。貪婪的吸取整個星球所有的養分，最後甚至能吞噬掉整個星球，變成一顆星球大小的星際蟲神。而一旦蟲神在某個星球上出現，也就意味著這顆星球已經走向死亡。
此時的星際元帥已經完全臣服於蟲族，認為蟲族才是更為先進的種族，最後被蟲神生吞都樂在其中。關鍵時刻，瑞科如神兵天降，駕駛掠奪者機甲對蟲神和蟲群狂轟濫炸，救出了自己的前女友蘿拉·貝克艦長。
原來，瑞科並沒有被處死，而是加入了一項秘密任務，掠奪者計劃，通過神經同步，操控初代掠奪者機甲（11babar）極大提升了戰鬥力。
而前女友蘿拉·貝克艦長也不是泛泛之輩，她掌握著人類高科技武器q炸彈的命脈，行星級彆的毀滅性武器。
最後，聯邦用一發q炸彈把整個o1星球炸成了碎渣。已經覆蓋星球三分之一的星際蟲神畢罕科托也未能幸免。
隨後是“誇拉沙戰役（battleofkasha）”，人類重要的礦區殖民地誇拉沙星球遭到蟲族襲擊，基於星球礦藏資源的重要戰略意義，聯邦自然派駐重兵進行防禦。而蟲族竟然已經把人類的礦洞改造成了運兵的通道。雙方大戰一觸即發。
2312年，約翰·a·沃登號事件（thejohnaardencident）。
一個綽號“英雄（hero）”，本身也的確是戰鬥英雄的亨利·瓦洛少校（ajorhenryvarro），領導k12機動步兵隊在b星球的凱西堡（fortcasey）上捕獲了蟲族女王，但“英雄”亨利卻因違抗軍令被捕，高級戰略心靈官卡爾，強行征用了卡門艦長的沃登號飛船，帶走了蟲族女王。但沒過多久，就傳來了沃登號失蹤的消息。
於是瑞科將軍找到最近與沃登號有過接觸的a01機動步兵隊，並由熟悉情況的“英雄”亨利帶隊，前往調查。此時的瑞科已經晉升為了將軍，還瞎了一隻眼睛（此處明顯s蛇叔好嗎）。找到沃登號以後，發現上麵的船員幾乎都已經死絕，隻剩卡爾還活著，當a01和k12聯合營救小隊成員找到他的時候，被蟲族女王精神入侵的高級戰略心靈官卡爾一直說著讓人聽不懂的瘋話。
原來，“宿命3人組”之一的高級戰略心靈官卡爾一直在做控製蟲族的研究，幾乎就要成功。他已經能控製住部分蟲族兵，但離成功還差一步時，被蟲族女王“反向駭客”侵蝕了意識。所以此時的沃登號已經被蟲族女王完全控製，就連載著眾人奉命來搜查的快速攻擊艦（fas）阿萊西亞號也被重型主力艦（heavycitalship）沃登號一炮轟成了渣。無法撤退的聯合搜救小隊隻能與沃登號裡的蟲族殊死搏鬥，死傷慘重。而沃登號正在蟲族女王的控製下按照設定好目標，徑直向人類母星地球前進。
為了阻止蟲族女王築巢地球的計劃，聯邦高層決定用核彈轟炸沃登號。但在核爆沃登號之前，瑞科爭取到營救船上同伴的寶貴時間。然後，瑞科駕駛掠奪者機甲，猶如神兵天降救出前女朋卡門和好友卡爾，也見證了k12機動步兵隊帥哥上校“英雄”亨利的壯烈犧牲。然而此時核彈已經發射，眼看就要來不及逃離，不料蟲族女王再次操控飛船，一輪艦炮齊射擊毀了來襲核彈。
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好在“英雄”亨利生前已命人在飛船引擎上安放了c4炸彈，最後眾人在飛船炸毀前逃出了火海，再一次有驚無險地解除了危機。蟲族女王和她的蟲群在飛船爆炸中全滅，隻可惜還是有一隻蟲子逃進了下水道。
2369年，人類聯邦艦隊再次抵達蟲族母星克蘭達夫，重抵p星，收複威士忌前哨站。
2371年，聯邦開發出了對付蟲族最新的武器新星炸彈。
此時，人類已經在火星殖民了數十年，並成功通過大氣改造讓火星擁有了大氣層，殖民期間也幾乎沒有遭遇過蟲族的侵擾。火星上的人類自稱火星人，對人蟲大戰無感，甚至想要脫離聯邦獨立建國。然而真實狀況是，火星早已被蟲族隕石撞擊。蟲群深藏在撞擊坑的地底，不斷繁殖一直“沒被”聯邦發現。
直到有一天，無數蟲群忽然鑽出地表，襲擊火星城市。火星人被打得措手不及，整個星球成為了蟲族的孵化器和屠宰場。最年輕的天空元帥艾米·斯納普（aysnp），世界上最聰明的女人，其實早就知道蟲族隕石的存在，但是她隱瞞了真相，放任蟲族在火星滋生，並在火星的大氣改造站裡藏了一枚q炸彈。她的真實目的，是通過摧毀火星，利用地球人對火星人日漸滋生的厭惡，和對蟲族日漸積累的恐懼，在競選中提高自己的支持率。
此時，瑞科就駐紮在火星太空站，由於之前那隻在地球下水道裡亂竄的蟲子，降職為上校，派駐在此。
而他的好友卡爾發現天空元帥艾米·斯納普的陰謀後，通過心靈感應告訴了隨聯邦遠征艦隊再一次攻擊蟲族母星克蘭達夫的新約翰·a·沃登號艦長卡門，並讓卡門臨陣脫逃前往火星尋找瑞科，於是“宿命3人組”再次聯手。在好友卡爾用通過心靈感應製造的前女友迪茲·弗洛雷絲的精神體一路陪伴和鼓勵下，瑞科找到了大氣改造器裡的q彈，挫敗了天空元帥艾米·斯納普的計劃，火星得以保全。天空元帥艾米·斯納普的支持率直線下滑，狼子野心逐漸敗露，最終隻能選擇流亡星際。而瑞科則被代行其職的卡爾恢複了將軍之職，與新約翰·a·沃登號艦長卡門攜手加入了反攻火星的任務。
2372年，聯邦找到了蟲族母星克蘭達夫上的蟲族女王，用新星炸彈摧毀了蟲族巢穴，贏得了勝利，人蟲大戰告一段落。
所以，謎底揭曉。02實驗室的超腦其實是星際蟲神畢罕科托。
按照《星河戰隊》是和《生化危機》一樣是a級入門的評價，險些吞噬一顆星球的星際蟲神畢罕科托能夠創造的劇情世界，理論上應該高於《生化危機》中的白皇後。
然而這都不是重點。重點是，隨著吳塵越來越了解基地的詳情，就對他親手創立的落錘組織越發忌憚。
而且參考“星際蟲族”這一經典科幻設定，再加上落錘組織或者說作為落錘首領個人癡迷於電子遊戲的偏好，作為02實驗室“對比實驗體”的星際蟲神畢罕科托的“神腦”創造的“夢世界”不會是《星際爭霸》、《光環》或者——《戰錘40k》吧？
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