黃尊素，初名則燦，字真長，號白安，一作白庵，浙江省餘姚縣人，著名學者黃宗羲之父。力陳時政十失，忤魏忠賢，被奪俸一年，後又上疏論事，再忤魏忠賢意，被削籍歸。不久，被逮入都下詔獄，遂自儘。與同為閹黨所害的高攀龍、周起元、繆昌期、周順昌、周宗建、李應升並稱“後七君子”，與汪文言並為“東林黨的兩大智囊”。
黃尊素，任命為寧國推官，精敏強乾，提拔禦史，請假回家。第二年冬天回到朝廷，上疏請求召回餘懋衡、曹於汴、劉宗周、周洪謨、王紀、鄒元標、馮從吾，而彈劾尚書趙秉忠、侍郎牛應元、通政丁啟睿愚蠢遲鈍，趙秉忠、牛應元都辭職離開了。
山東起義被鎮壓後，起義軍餘部又煽動起來，巡撫王惟儉無法控製，黃尊素上疏議論說“巡撫本來是從內外選拔任用的，如今都任用京官，不如推舉任用訓練有素的地方官員。”又多次陳述邊防事務，極力詆毀大將馬世龍，違背了樞輔孫承宗的意圖。這時皇帝即位已有好幾個年頭了，從沒有召見過大臣，黃尊素請求恢複在便殿麵對麵召見大臣的先例，當麵決定國家大事，否則也可利用講解經史的機會，讓大臣們麵對麵商討可不可以執行，皇帝沒有采納。
大風吹起黃沙，昏天蔽日，還伴有敲鼓一般的響聲，一連十天都是如此，京師發生三次地震，乾清宮震動得尤其厲害。正好皇帝身體欠佳，人心惶惶不可終日，黃尊素極力陳述時事政策的十大過失，最後說“陛下壓製輕視言官，使人人都有所忌諱，這才有人隻提些皮毛小事，不敢冒犯當權者。如今近臣重過趙嬈，禁旅與唐末相近，蕭牆之禍患比敵國還慘。朝廷沒有運籌帷幄的大臣，邊防沒有製敵取勝的將領。掌權的人對國家的安危愚昧無知，搗亂的人對於失敗的局麵多方掩飾。不在此時舉薦賢才斥退不肖之人，反而厭惡剛毅正直的人，把他看作仇敵，陛下難道就不為國家考慮嗎？”奏疏遞入，魏忠賢大怒，圖謀將他處廷杖刑，韓爌大力營救，於是隻剝奪一年俸祿。
不久，楊漣彈劾魏忠賢，被下旨責備，黃尊素很憤怒，接著上疏說“天下有政權歸於近旁寵幸之人，皇帝大權旁落，而國家太平英明的嗎？天下有中外紛擾，沒有不想從瓜分國家得到一份好處，而還能將國家交給左右的人嗎？陛下一定以為曲意奉承，小心謹慎的人可以重用，不知道不遠離這些人，就不能使無所畏忌的人得到任用。陛下一定認為隻有我才能駕馭，不知道不能駕馭時，則已不可收拾了。陛下自登基以來，公卿台諫一個接一個地被罷免回家，使得在位的人沒有長遠打算。這還不叫孤立，卻將一個近侍的離開叫作孤立嗎？如今魏忠賢違法的情形，廷臣已揭露無疑。陛下如果不早做決斷，當他看到前途無望，狗急跳牆，還會有什麼顧慮呢？魏忠賢是一定不肯收回他那放縱的野心的韁繩來悔過自新的。魏忠賢的私黨，一定不肯收回他們那謀取私利的船槳，而任其默默消融的。開始還隻是與官員為仇，接著將把至尊的皇位作為賭注。基礎防護既已牢固，誰還能把他們怎樣。不僅台諫不足以挫敗他們，即使是動用武力也難以奏效了。”魏忠賢得到奏疏更加不滿。
萬燝被廷杖後，又想廷杖禦史林汝翥，各言官到內閣去爭論，數百個小太監擁進內閣中，揮舞著拳頭大聲叫罵，各內閣大臣都低著頭不敢說話，黃尊素厲聲說“內閣重地，即使是司禮沒有接到詔書也不敢到來，你們這幫人竟敢如此無禮！”於是，眾太監慢慢散去，沒多久，萬燝因受重傷死去。黃尊素上奏說“按照法律，不是叛逆等十大罪狀不判處死刑，如今如今讓披肝瀝膽的忠臣，竟然死於磨牙咧齒的小人之手。這幫小人一定奔走相告，說是可以利用皇帝的特權，來鞭打百官。後代有這樣的人，他繼承了董狐的筆法和朱熹的《通鑒綱目》，於是寫道‘某月某日，郎中萬燝因為進諫國事被廷杖打死。’這豈不是連累了皇上的聖德麼！進呈廷杖這種說法的人，一定說這是祖宗的製度，殊不知正統、正德年間，王振、劉瑾實行它；世祖、神宗年間，張璁、嚴嵩、張居正執行它。奸邪小人想放縱自己的私欲，害怕忠臣義士的牽製，一定得用廷杖發泄他們的私憤，使得皇帝蒙受拒絕進諫的罪名，自己掌管實際權力，而仁人誌士且有被牽連的危險。於是乎小人為所欲為，毫無顧忌，而嫁禍於國家。萬火景已經死了。侮辱殺戮正直的人，不能開這個先例。乞求恢複萬燝原有的官職，破格賜給他照顧，讓他的後人親自護送棺材返回故鄉，萬燝死而不朽。”奏疏遞入，更加違背魏忠賢的意圖。
河南進貢玉璽，魏忠賢想誇張這件事，命令從大明門進城，實行接受玉璽的禮儀，百官奏表稱賀，黃尊素上奏說“過去宋哲宗得到一個寶璽，蔡確等人爭著說是好兆頭，改年號為元符，宋朝國運最終不能長久。本朝弘治年間，陝西進獻玉璽，隻是命令送進朝廷，給賞錢五兩。這是祖宗的先例，應該依此辦理。”這事就這樣中止了。被派往陝西巡視茶馬互市，剛出北京城，叛黨曹欽程揭發他專門攻擊好人，助長了高攀龍、魏大中的囂張氣焰，於是被削籍為平民。
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黃尊素忠誠正直敢於說真話，尤其有深謀遠慮，剛進入官府時，鄒元標確實幫助過他，黃尊素就進言規勸鄒元標說“都城不是講學的地方，以前就有徐文貞聚眾議論的先例。”鄒元標沒有聽取采納。楊漣將要攻擊魏忠賢，魏大中告訴了他，黃尊素說“清除皇帝身邊的人，一定要有內援。楊公有這樣的人嗎？一旦攻擊不能奏效，我們這些人將無法生存了。”萬燝死，黃尊素暗示楊漣辭職，楊漣不聽，最終惹禍上身。魏大中將要彈劾魏廣微，黃尊素說“魏廣微是小人之中的小人，過快地攻擊他，他會鋌而走險的。”魏大中不聽，魏廣微更加投靠魏忠賢，從而釀成了大災難。
這時，東林黨充滿朝廷，東林黨自身又以來源地的不同分為幾個派係，江西章允儒、陳良訓跟魏大中有過節，而魏大中想駁斥尚書南師仲濫發撫恤，陝西人也不大高興，黃尊素趕忙告訴魏大中，製止了他。最後，山西尹同皋、潘雲翼想推舉他們的座主郭尚友為山西巡撫，魏大中因為郭尚友幾次追究前朝留下來的大臣，執意不同意。黃尊素引用杜征南多次聯係洛陽一帶的權貴為例勸告他，魏大中最終沒有聽取，推舉任用謝應祥，災難由此發生了。
汪文言剛下獄時，魏忠賢就想羅織各人的罪名，當他得知是黃尊素從中化解時，就更加忌恨了，魏忠賢的黨羽也因為黃尊素多智謀，想殺死他。正好蘇州一帶謠傳黃尊素想效法楊一清誅殺劉瑾的榜樣，讓李實充當張永的角色，傳授給他秘密的計謀。魏忠賢非常害怕，派遣四個密探到蘇州一帶刺探情報，侍郎烏程人沈演居住在家，報告魏忠賢說“事情有眉目了！”當天派使者嗬斥李實，拿走了蓋有圖章的空白奏疏，列上黃尊素七個人的姓名，於是逮捕他。
使者來到蘇州，碰到蘇州城內圍攻逮捕周順昌的旗官，城外的人攻擊逮捕黃尊素的人，負責逮捕的人把逮捕證給丟了，不敢到達。黃尊素聽說了，立即穿上囚服到衙門投案自首，許顯純、崔應元嚴刑拷問，勒索贓款二千八百兩，五天一次追掠。不久，得知獄卒將要謀害自己，黃尊素叩頭謝皇上、父親的恩惠，寫詩一首，於是自儘，終年四十三歲。
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