然而《紀效新書》也存在一些不適合朱棡采用的內容，比如卷首三篇中的前兩篇。
第一篇任臨觀請創立兵營公移，這一篇是戚繼光呈給長官的上呈公文，也是紀效新書全文中極少數比較咬文嚼字的記述。
按理說這篇上呈公文朱棡應該徹底剔除掉，可其中不僅讓人看到當時的軍事體係，而且講述了一些明朝中晚期軍隊中的弊病。
儘管現在還沒有成為明朝軍隊中的普遍現象，但是對於洪武年間的驕兵悍將依然有著警示作用。
卷首第二篇新任台金嚴請任事公移，則是戚繼光擔任浙江台、金、嚴等地參將時，呈給上級長官的公文。
然而其中卻包括了許多革除軍隊弊病的良策，這些都是要保留下來的。
當然《紀效新書》裡麵也存在一些，在後世看來極不合時宜的說法。
其中最有爭議的一點就是，應通過斷人吉凶禍福的相法來排除一些凶死之人，並看重一些擁有福氣相貌的人。
戚繼光還認為這樣就能把選人用人的方法，運用到很精妙的境界。
另外他還主張用鄉間有些愚笨、遲鈍的人做士卒，這也是朱棡至今都感到無法理解的。
然而即便是《紀效新書》存在一些瑕疵，也依然無法改變他在後世被很多軍中將領推崇。
主要就是因為通過《紀效新書》訓練出來的精兵，能在曆史上達到這種層次的，也就隻有南宋嶽王爺訓練出來的軍隊了。
戚繼光自然沒辦法直接效仿嶽飛的做法，於是針對大明所麵對的情況，他從最基本的人情入手循序漸進。
在思想教育課堂的第一課中，戚繼光對士兵和顏悅色地說道：“我們當兵的可能一年到頭也沒打幾場仗，大多數時間都是在悠閒地生活。
即使是這麼悠閒，每天也少不了三分銀子。
這銀子都是從百姓那裡征來的，你們在家裡時都是種地的百姓。
回想上繳這些銀兩時的艱辛，再想想各位今日拿到銀子的容易。
所謂養兵千日，用在一時。
一年到頭朝廷和百姓就指望咱們，能夠打上一、兩個勝仗。
如果在戰場上咱們不敢於作戰的話，即便未受軍法懲治，那百姓養我等又有何用？
老天爺更會借敵人之手，千方百計將咱們除掉！”
戚繼光這番話樸實無華，道理通俗易懂。
通過角色的轉換，激發士兵共鳴，憶苦思甜，從愧疚感中激發出上進心。
隨著訓練的推進，戚繼光又把殺敵意義引申到了“保民護國”的使命上。
他對士兵說道：“咱們本是為立功名報效國家，從而聚集在一起。
兵是殺賊的，賊是殺百姓的，百姓又需要咱們去殺賊！
如果咱們在殺賊的同時，還能夠做到守軍法、不侵擾百姓，他們就一定會尊敬咱們的！”
戚繼光又接著說道：“‘士兵’之所以帶個‘士’字，就是因為士兵的職責非常神聖，得到了朝廷和百姓的重視。
希望大家都出力效命於疆場，衛國保民，對得起這個‘士’字。”
為了讓戚家軍士兵感受到，自己對他們的尊重
戚繼光在處處愛護士兵的同時，還與他們休戚相關。
同營地相處，同進同退，公而無私。
他會不定期到戚家軍士兵們中間了解這些的生活情況，噓寒問暖。
戚繼光會問他們吃得飽不飽，穿得暖不暖，做戚家軍士兵的知心人。
士兵病了，他要親自探視，甚至幫忙煎湯藥、送食。