伯顏雖然還沒有得到忻都和洪茶丘的塘報，但是他已經跟張宏範決定，考慮颶風的影響，在5月前把留在對馬島的物資全部搬到壹岐和肥前來，對馬島交給高麗王派兵和官吏管轄，對馬島上駐紮的所有部隊全部開到肥前。
冒著刮起颶風的危險，大船來回穿梭在對馬、壹岐和肥前，大部分船隻已經交由範文虎帶回江南，準備在年底無颶風時節把集結在江南的5萬簽軍和50萬移民（大多是老弱婦孺）以及2萬士子（準備按中原製度建立政權的候選官吏）逐步運來北九州開墾。
北九州5藩的原住民，大部分要麼逃到南九州，要麼死於戰亂和瘟疫，或者有少數越過豐後水道向南過豐予海峽經瀨戶內海到四國避難的，這樣，原先的居民等於少了一大半，各藩原先的政權組織也大部瓦解，元軍收買了少數倭奸，以維持州的形式暫時統治著。
伯顏的大本營已經從平戶島移到了大宰府，大部分物資已經基本運到了三野城和大野城南部，重兵防守，張宏範留下500人守壹岐，1000人守平戶，全軍移兵肥前。
在大宰府跟伯顏商議後，張宏範決定6月份就布防八重嶽和神代浮橋，他的部隊已有人到來，還有也已到了對馬，很快就可以抵達肥前。
張宏範率大軍出發，張矽帶5000人去防守赤阪，換下在赤阪、長門等地血戰和駐防了4個月之久的麗軍。
乞哥到來後，將率7000人防守北九州各藩及平戶島，並作好接應範文虎大隊墾民到來的準備，另外3000原屬山東水師的部隊則並入史柱的征東水師。
半個月後，張宏範已經在八重嶽、神代浮橋等地接替了劉複亨人的防守，並作了周密的梯次防禦布置，劉複亨帶領人回大宰府向伯顏彙報。
南九州的大隅、日向和薩摩不知道是什麼原因，這幾個藩一向忠於天皇，但是因為天皇並無明確指令，他們雖然集結了4萬藩兵和數萬足輕，但一直沒什麼行動。
至於九州島上占地麵積最大的肥後藩，地處九州島中部，因扼守神代浮橋，一直是南九州和北九州聯係的中樞，不過由於山地占了麵積的四分之三，人口和歲入並不多，勉強養活16萬軍民，總人口數甚至還不如島上占地麵積最小的豐後藩。
占地麵積雖大，但人口不多，能征的兵也就有限，正常情況下也就5000左右的藩兵，有戰事時可征兵到8000或，另外還能征發2萬左右臨時的足輕。
早在張宏範率軍到來前，肥後藩主見劉複亨的前鋒隻有3000人左右，而且都是從赤阪城血戰出來的，幾乎人人帶傷，這藩主見了，動了歪心，集結了4000藩兵和6000足輕，想上去劫掠一番，同時也搶點功勞。
怎料，這3000人是劉複亨派出來準備繞到大宰府後麵發起攻擊的，一見這些倭兵，以為是從大宰府突圍跑出來的，趕緊上前，猛烈攻擊，結果，幾乎很少打仗的肥後藩的藩兵和足輕，被隻有自己兵力三分之一的元軍殺得哭爹喊娘，滿山逃命。
隨後，大宰府被攻克的消息傳來，肥後藩的藩主驚恐萬狀，已經作好了萬一元軍大軍來攻，馬上逃往日向，下一步再越瀨戶內海逃往四國也有可能。
但是，元軍並沒有乘勝向南九州發起攻擊的打算，地形複雜、兵力有限，而且在幾天幾夜的搏殺中，登陸博多、對拚藤原、攻占大宰府，劉複亨部傷亡達餘人，早已失去了進攻能力，而且伯顏並未要求攻占南九州，拿下大宰府，可以說已經完成了使命。
現在，劉複亨所部5萬兵力，僅剩餘人，劉複亨奉伯顏之命，率大部分將士沿八重嶽和神代浮橋展開，主要防守力量都集結在肥後藩的地盤上。
史柱率領7000原水師的部隊繼續駐紮在大船上，不過因為颶風季節到來的原因，這部分水師和大船基本都駐紮在沿海的避風港口（大部分船隻已經交給範文虎在颶風來臨之前駛回了中國江南）。
乞哥到來後，水師將加強到人，雖然未必有什麼絕對優勢，但是在天皇的水師駐紮在東海岸，不願和幕府水師聯合的情況下，還是能夠大致保證本州沿海地帶的製海權的。
伯顏很快就得到了忻都和洪茶丘的戰報，知道他們已經跟幕府軍的主力對決過了，由於兵力劣勢和地形不利，決戰失利，金方慶重傷，雖然治好了，但是右手和左腿卻失去了，如今隻能在帳中共同商幄軍機，但不能再上前線指揮。
不過幕府方麵應該也受到了很大的損失，根據戰報，伯顏認為石田等人至少損失了一半的兵力，其實，伯顏還是高估了幕府，在1個多月的作戰中，石田和新兵衛等人率領的禦家武士損失過半，但是10個藩的藩兵損失則達到了近三分之二。
至於足輕，很多潰散了又被逼著回來的，但就是這樣，也隻有原先總數的三分之一而已，他們大部分並非戰歿，而是逃到深山老林去了，藩主和地頭也找不到他們。
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