司令辦公室內。
兩個人正在對話。
“初號機的受損程度很嚴重啊。”
老人說。
戴著眼鏡十指交叉的碇源堂讚同地點了點頭：“嗯，看來修複要很多天了，希望這段時間使徒不會再來。”
“沒想到葛城竟然做出這麼大膽的計劃，AT力場我們到現在還沒研究透呢。”
“有初號機在，不管怎麼樣都不會失敗的。”
碇源堂信心十足地說。
eva機體。
是由複製第一使徒亞當而來。
但隻有初號機是個例外，因為初號機是地下都市裡那隻使徒的複製品。
是的。
地下都市裡的那隻使徒。
並非是第一使徒亞當，而是人類發現的第二使徒莉莉絲。碇源堂以第一使徒亞當的名義，向外偽裝了真相，並且把第二使徒莉莉絲稱呼為第一使徒亞當。而那些來入侵的使徒，似乎也分不清其中的差彆。
當然最主要的，還是初號機裡麵的靈魂。
她會主動保護一切的。
兩人離開本部一個星期多。
回來後要忙碌的事情積攢了許多。
文件一份份地蓋章簽字，卻不見明顯的減少，冬月耕造隨手拿起一份報告書，老人看了沒幾個字，就原地不動地陷入了驚訝之中，立刻吸引了那邊碇源堂的注意力。
“怎麼了？”
“不……”
碇源堂從老人手中接過來報告書，看了幾眼就皺起眉頭。
他的臉色有些抽筋。
因為這是份對駕駛員們的監視報告。
這麼多年，他很少有這麼失態的時候。在離開的這個星期裡，eva機體的兩個駕駛員——碇真嗣和綾波麗的關係突飛猛進，快到任何人都沒反應過來。本部的情報部實在是太失職了，簡直是群蟲豸，他們平時到底是怎麼監視駕駛員們的？
甚至是事後翻垃圾袋發現了安全措施，才確定這兩人發生了關係。
“碇。”
冬月耕造，這個老人站在一旁。
雖然心裡有些五味雜陳，但老人對這份報告書的內容倒是不置可否，倒不如說，他樂於見到這個結果，他和碇源堂這個家夥從來就不是一路人。
綾波麗。
她是自己那位學生的克隆人。
這本是冬月耕造絕望之下的產物，在十幾年前那場實驗事故中，隻有極少數人知道那場實驗的真相——那位學生和初號機融為了一體，不，稱之為死去或許更為合適吧，因為她再也回不來了。
於是冬月耕造提取了當時初號機體內，那位學生所殘留下的DNA。在利用第二使徒的體細胞製造克隆人時，加入了她的DNA。
卻沒想到促成了一個奇跡。
——綾波麗。
人類的身體，使徒的靈魂。
克隆人的她擁有著地下都市那隻使徒的靈魂，簡直不可思議，這本來是個肯定會失敗的實驗，卻沒想到竟然成功了——這就是那個冬月耕造口中所謂的奇跡。
而地下都市裡那隻使徒的個人意誌，將決定著未來計劃的成功與否。