遷都長安後，董卓威福更盛，盜用天子車服，並命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。
又以其弟董旻為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。
董卓大封其宗族，董氏繈褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。
董卓命人於長安築郿塢，高、厚各七丈，其中積穀可用三十年。
董卓殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族，其倒行逆施引起了朝臣強烈的不滿。
司徒王允、司隸校尉黃碗、尚書楊瓚等密謀殺掉董卓，董卓自知為人所怨，出入常以驍勇過人的中郎將呂布作護衛。
王允義女貂蟬，有傾國傾城之貌，王允見之大喜，遂心生一計，以連環計離間董卓與呂布。
時董卓因事欲殺呂布，呂布與董卓本就因為貂蟬之事心生嫌隙，如今見董卓竟不顧父子親情，欲殺自己，於是，主動尋王允商議，欲對董卓痛下殺手！
正所謂先下手為強，後下手遭殃，呂布深諳此理！
王允等人見時機已至，遂力勸呂布誅殺董卓，為天下除害。
初平三年四月，天子生病初愈，眾臣入宮朝見，未央殿內，大小官員依次站好，眾臣表情不一，有人歡喜有人愁。
董卓乘車而入，以兵士護衛道旁，並使呂布隨車護衛。
王允令尚書仆射士孫瑞將寫有誅殺董卓的詔書，交付呂布。
呂布命部將高順率勇士十餘人扮作衛士埋伏於朝門內，董卓入內之後，高順突然殺出，一戟將其刺倒，呂布隨即挺身而出，將董卓刺死。
董卓既死，長安兵民百姓相慶於道，衛士皆呼萬歲，儘誅董氏宗族。
天子為表王允之功，以司徒王允錄尚書事，開始總理朝政，以呂布為奮威將軍、假節，儀比三司。
自中平六年八月到初平三年四月，董卓廢少帝、殺太後、遷都長安、殺戮大臣、殘害百姓、專製朝政、僭越不臣、禍害天下，給社會和百姓帶來了巨大災難，直至董卓被殺，董卓之亂才宣告結束。
原以為自此之後，天下將迎來一個嶄新的太平盛世，然而任誰也不曾想到，王允在掌握了大權之後，就像變了一個人，他變得居功自傲，目中無人，甚至連滿朝文武也不放在眼裡了！
之前董卓在世時，王允總是與眾臣推心置腹，共商計策，而現在每次與群臣議事，王允卻總擺出一副高高在上的樣子，滿臉都是輕蔑的表情，群臣們也因此與他漸漸疏遠！
在這一點上，王允與鄧艾非常相似，成功之前，他們都能謙虛隱忍，誠懇待人，在困難麵前磨礪心性，不驕不躁，而一旦功成名就，則立馬就飄飄然，眼睛長到了腦門上，親手造就了自己的人生悲劇！
尤其是在安排和處理董卓舊部的問題上，王允反複無常，態度很不慎重。