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確立了對士兵思想教育上的方向，接下來就是具體操練號令、軍紀、賞罰、武功、武器、陣法配合了，不過在這之前，首先要在軍隊中普及文化基礎。戚繼光書中讓士兵熟記號令、軍紀的辦法是把這些整理成文字，讓軍中識字的士兵念出來，不識字的士兵圍著聽，從這樣集中的學習開始，再和賞罰製度結合起來鼓勵和強製士兵記住。
那首先需要軍中有相當一部分士兵識字，不能全是文盲，否則學習無從談起。當然還有一個選擇，就是像袁世凱小站練兵一樣，編寫文盲也能聽懂的《勸兵歌》之類通俗歌謠讓士兵熟悉，不過沈飛覺得現在完全有條件更進一步，普及文化的基本技術前提是造紙術和印刷術的推廣，現在已經有條件了。古代進入私塾正式讀書之前的蒙學階段，蒙學讀本《三字經》、《百家姓》、《千字文》這時也都已經出現了，光這三本加在一起，沒有重複的字就有2250個。隨便加點彆的蒙學讀物，輕輕鬆鬆識字量突破三千，常用字就都記住了。蒙學階段也就是兩三年的時間。
後世統計文盲率80甚至90，那隻不過是1950年一年的統計數據，沈飛看到過資料裡有另外不同的數據，1860年左右傳教士在湖南的調查，山區城鎮文盲率60，城市文盲率50，至於後來的文盲率急劇提高，資料中的解釋原因有兩點一是因為戰亂，二是因為古代和現代兩種不同的教育體係轉換過程中形成了斷層，原來的書院私塾教育體係受到衝擊垮了，新的小學中學大學教育體係還沒有建立普及開來。類似的醫學也是這樣，中醫受到了衝擊，西醫還沒有接上，也形成了斷層，加上戰亂就造成了平均壽命大減。這也可以和沈飛見過的其他史料印證，比如彭湃的《海陸豐農民運動》裡說“二十年前，鄉中有許多貢爺、秀才、讀書穿鞋的斯文人。現在不但沒有人讀書，連穿鞋的人都絕跡了”，《海陸豐農民運動》寫於1926年，二十年前就是1906年，就是說文盲率的增加也就是二十年時間裡的事情，而不是有些人腦補的兩千年。
海陸豐所在的廣東沿海珠江三角洲地區也是近代文化和經濟非常發達的地區，當然也是“宗族”非常發達的地區。不過這個“宗族”和“封建宗法製”沒有任何關係，戰國以後真正的封建製就瓦解了，不僅全國政權走向統一，全國市場也統一了。沈飛看過秦暉的研究著作，秦漢時民間各地方就已經多姓雜居了。西晉北方五胡亂華以後中原國內市場受重創破壞，原來的邊疆地區，江南和四川因為掌握先進知識和技術的人口避難遷入卻是繁華了起來。九品中正官製和士族形成是一波小回流，經過黃巢“天街踏尺公卿骨”和唐末五代的戰亂以及宋代科舉製擴大也瓦解了。
近代興起的所謂“宗族”是明代中期以後開始的風俗，之前製度規定隻有一定品級以上的官員可以把自己家裡祖宗十八輩都供奉起來，普通人家最多供奉到高祖一輩，嘉靖年間經過夏言的建議才放開了這種限製，供奉祖先的風氣才在民間蔓延開來，成為近代民間宗族的起源。以朱熹總結的《呂氏鄉約》為基本組織結構，不過如果宗子本身能力不足，那頂多也就是在祭祀時主持一下，日常管理和產業經營還是掌握在其他人手裡，有企業性質。
明代中期開始是民間結社極多的時期，各種各樣的文學流派結社、經濟結社（如顏鈞的萃和會、何心隱的聚合堂）、行業結社（比如隆慶二年成立的被《中國科學技術史》稱為世界上第一個民間科技組織的一體堂宅仁醫會）、政治結社（複社），那些所謂的宗族不少都沒有真正的血緣關係，也是結社的另外一種形式。清軍入關以後更是如此，民間結社害怕被當成反清活動，就改頭換麵，以結成宗族的形式出現，其中就以廣東為最。
清軍兩次進入廣東大肆殺戮以後，廣東就已經沒有完整的宗族了，當時的宗祠都是合族祠，規模大到幾縣，稱為“眾人太公”，而且大多是編出一個祖先的虛擬宗族，實質是結社。沈飛見過最極端的一個例子是“雞骨太公”，把吃剩下的雞骨頭用布包起來裝進盒子放到房梁上當成太公供奉起來結成一個宗族，這是珠江三角洲虛擬宗族的普遍特點。
除了合族祠，還有家祠，稱為“私夥太公”，這個更加離譜，大部分供奉的不是祖先，而是活人。在仕途或者經營工商業有所成就升官發財的人很多會給自己建一個作為個人的顯赫榮譽標誌。到了乾隆年間，合族祠也有了禁令，就又改頭換麵，稱為“書院”、“書齋”、“書舍”，以私立大學、私人圖書館等學術機構的麵目出現，原因就是當時珠江三角洲文化很普及，這就是《海陸豐農民運動》裡的那句話“二十年前，鄉中有許多貢爺、秀才、讀書穿鞋的斯文人”的曆史傳承背景。
那則晚清文盲率統計資料沈飛沒有看到具體出處，有所懷疑，不過除了《海陸豐農民運動》裡的那句話，也還有其他一些資料可以作為旁證。比如在明初，朱元璋非常重視文化的普及，在還是割據政權時期的吳元年時就已經開辦書院，統一全國後強製性家家戶戶發了一本《大誥》，這就是極大的普及文化知識。當時謝應芳的詩《讀大誥作巷歌》天語諄諄禍福靈，風飛雷厲鬼神聽。掛書牛角田頭讀，且喜農夫也識丁。再比如明末張岱在《夜航船》序言裡說“餘因想吾八越，惟餘姚風俗，後生小子，無不讀書，及至二十無成，然後習為手藝。故凡百工賤業，其《性理》、《綱鑒》，皆全部爛熟，偶問及一事，則人名、官爵、年號、地方枚舉之，未嘗少錯。學問之富，真是兩腳書廚，而其無益於文理考校，與彼目不識丁之人無以異也”。
對於普通士兵，也根本不必要求“文理考校”，甚至“其《性理》、《綱鑒》，皆全部爛熟，偶問及一事，則人名、官爵、年號、地方枚舉之，未嘗少錯”的水平也不需要，隻需要迅速完成蒙學階段的三千個常用字的識字量就足夠閱讀和熟記基本的號令、紀律和賞罰條款了，而且最初階段也不需要所有士兵都達到這個識字量，教出一部分人專門閱讀宣揚軍令、軍紀內容就行了，這部分人還可以獨立成一個部門。一開始還可以抓差找書院弟子來頂一下。
“練耳目”一條就是練號令，不同種類顏色的令旗、金鼓、喇叭、嗩呐、哱囉、銅鑼、號炮等等通訊工具各自代表下達什麼命令，這個和軍紀一樣，先要求熟記，再要求堅決執行。號令和軍紀（包括戰場紀律、民眾紀律、對俘虜的紀律）可以直接從戚繼光那裡複製，上下級軍官士兵之間建立連坐法，想比起現代當然是嚴厲得多，可是在南宋，明代這些軍紀已經顯得寬鬆了。
熟記號令和軍紀的方法是和賞罰結合起來，經過一段時間背誦後時時抽查，如果抽查一條背不出來，打一板。如果士兵犯了小過錯，能背出一條免打一板，這樣很快就能見效。“如違誤軍令，而不誤事，止於捆打；若因而誤事者，軍法從事”這是對軍令的原則，至於違反軍紀的處罰更是有明確的規定。
至於練藝就是武功這一條則作了一些調整，首先在軍中普及龍象般若功，低層次龍象般若功無資質要求，隻需要時間掛機就肯定能練成，能增強士兵的力氣和身體素質，安全無副作用，非常適合軍隊大規模普及。
當然還有最重要的一件事，就是軍隊的編製，戚繼光《紀效新書》第一篇就是《束伍》。《紀效新書》分兩個版本，一個是戚繼光在南方抗倭時所寫，十八卷本。一個是晚年在廣東總結南征北戰，抗倭禦虜辦軍校一生的軍事經曆，十四卷本。中間還有一本《練兵實紀》。
分彆來說，十八卷本的《紀效新書》寫的是對付南方的倭寇，其中的軍製是四四製，十二人一隊鴛鴦陣小隊，十人兩列縱隊，一個隊長指揮，加一個雜役火兵。四隊為一哨，四哨為一官，四官為一總。《練兵實紀》是在薊鎮訓練車步騎營對付蒙古騎兵，編製改成了三三製，三隊為一旗，三旗為一局，四局為一司，兩司為一部，三部為一營。
沈飛練兵的作戰對象就是蒙古騎兵，練的也是車步騎營，就選擇了《練兵實紀》的三三製編製，還有一個原因是這和現代編製有些巧合，十二人類似一個班，三班一排，三排一連，後麵的營、團、旅、師、軍也差不多對應，指揮起來比較順手。
訓練一是按編製由小到大練，個人練好合成一隊練，各隊練好合成一旗練，各旗練好合成一局練，這樣步步為營，循序漸進。個人訓練冷兵器要進行對抗，熱武器槍炮設標靶訓練。二是按場地練，在校場上模擬各種地形，用木版標記道路、房屋、野地。熟悉了以後再到實際地形裡進行操練。
武器選擇上，隻選擇經過實戰檢驗取得效果的武器，排除一些停留在紙麵上的腦洞。燧發槍是基本裝備，火炮方麵，選擇三種，佛朗機，當然名稱改掉，改稱神飛炮。神飛炮（佛朗機）的特點就是采用子母銃結構，事先製作好子銃，三人或者兩人操作，可以快速裝填，連續射擊。火藥是裝填在子銃裡，母炮不會過熱炸膛。二是虎蹲炮，三十六斤，可以伴隨步兵使用，機動性好，抗倭時取得過巨大戰果。三是翼虎炮，六十斤，樣子很像一支大型的火槍，可以單兵使用，《軍器圖說》提到廣寧城、西平堡之戰發揮過巨大威力。
其次是地雷和鐵殼火球（手榴彈），地雷需要在戰前才能事先布置，避免誤傷其他人，鐵殼火殼，明代稱擊賊神機石榴炮，可以單兵攜帶多枚。再次是集束火箭，可以單兵使用，也可以車載（神機箭），對於集束火箭的威力有爭議，戚繼光《練兵實紀》裡就持貶低甚至否定態度，“有火磚，一窩鋒，地雷，千裡炮，神槍等，百十名色，皆不切於守戰，故不備，今皆一切禁之，以節靡費”，不過那與南兵和北兵的矛盾有關，戚繼光也有貶低北兵武器和戰鬥力的傾向，就是戚家軍的覆滅和渾河之戰仿戚家軍的覆滅，也都和南北兵矛盾有關係。
集束火箭是經過靖難之役實戰檢驗的，朱棣奪取皇位以後也大量使用，不那一戰是短距離突襲。燕軍遭遇集束火箭打擊的記載是“上以數十騎馳入其陣，將士奮躍而從，敵人馬辟易。敵藏火器於地，其所謂一窠蜂、揣馬舟者，著人馬皆穿，而我軍俱無所複”，當時燕軍騎兵已經突入對方軍陣，幾乎是在貼身交戰的情況下，明軍用集束火箭一窩蜂反擊，打穿了很多燕軍人馬。這種集束火箭可以單兵攜帶，作為小規模特戰式突襲的裝備，遠程打擊還需要改進。除了這些明代的武器，隨著石油的逐漸開采和收購，宋代的猛火油櫃、弓弩、水龍、投石機也都可以製造、裝備和改進研發，當然這些武器不隻車步騎營，其他宋代也可以使用。