後因段誌病逝，馬援又直接統領段誌的水師。
之後，大軍沿著南海前進，於第二年春到達浪泊上遊；
與叛軍接戰，大敗叛軍，斬首數千人，投降者萬餘人。
馬援追擊征側至禁溪，多次大敗征側，叛軍分散逃走。
建武十九年正月，馬援誅殺征側、征貳，將首級傳送至洛陽；
因功受封新息侯，賜食邑三千戶。
之後，馬援率軍繼續征剿征側餘黨都羊等人，斬殺擒獲五千餘叛軍。
至此，二征叛亂完全平定。
二征叛亂平定後，馬援上奏朝廷，因西於縣。
“馬援進軍沿途經過的每個郡縣，都為當地修建城郭，挖掘灌溉水渠，做了許多有益於當地民眾的事情。”
“因當地越人法律與漢朝法律有十餘處相衝突，馬援又逐條向朝廷上奏說明。”
“馬援還向當地越人解釋法律，加以約束。”
“從此以後，南嶺駱越人按照馬援說明的法律治理當地。”
“劉秀因馬援平叛有功，賜給馬援兵車一乘，朝見時的地位僅次於九卿。”
“馬援征討交阯得勝後回軍，於建武二十年九月抵達京師。”
“一個月後，匈奴、烏桓侵犯扶風。”
“馬援以三輔受到襲擾、先帝陵園受到威脅之由，奏請皇帝出兵，劉秀準奏。”
“同年十二月，馬援便又率軍出征。”
“但因烏桓軍懼怕馬援，見到馬援後隨即撤兵，此戰馬援無功而返。”
“建武二十四年，武威將軍劉尚攻打武陵郡五溪蠻夷，全軍覆沒。”
“時年六十二歲的馬援請命出征。劉秀因憐惜馬援年老，沒有準奏。”
“但馬援再次上奏請戰，並在劉秀麵前展示自己老當益壯。”
“於是，劉秀批準馬援帶軍征伐五溪蠻夷。”
“第二年春，漢軍進抵臨湘，正好碰上五溪蠻夷攻打縣城。”
“馬援指揮漢軍迎戰，大敗賊寇，斬殺擒獲二千餘人，其餘都四散而逃，進入深山竹林。”
“之後，漢軍繼續進軍。”
“馬援認為從壺頭山進軍雖路途崎嶇，但路程短、耗時少，且能控製咽喉要道；”
“從充縣進軍雖路途平坦，但路程長，耗時又耗錢。”
“所以馬援率軍從壺頭山進軍。但因山高水急，蠻夷死守隘口；”
“又恰逢暑熱天氣，軍士得疫病死者眾多，馬援也身染重病，於是漢軍被困。”
“不久，馬援病逝於軍中，享年六十三歲。”
“馬援與梁鬆的父親梁統是故友，認為自己的輩分比梁鬆高，不必要因為梁鬆是駙馬，身份尊貴，而用平輩間的禮儀對待他。”
“梁鬆因此對馬援不滿。之後，梁鬆與越騎司馬杜保交往甚密。”
“因杜保被人指控行為不端而被牽連，梁鬆被劉秀問責。”
“劉秀用馬援給侄子寫信告誡他們不應該與杜保結交之事來斥責梁鬆。梁鬆因此對馬援更加不滿。”
“當初，馬援軍被困壺頭山時，耿舒寫信給哥哥好畤侯耿弇。”
“認為是因為馬援沒有聽從自己的建議，錯走壺頭山，才導致大軍被困的不利局麵。”
“耿弇據此上奏，劉秀便派梁鬆去對馬援問責。”
“馬援此時已經病逝，梁鬆便乘機陷害馬援。”
“由於梁鬆的陷害，劉秀下詔追繳馬援的新息侯印綬。”
“之後，還有人誣告馬援從交阯帶回的一車薏苡仁是珍珠和犀角。劉秀也信以為真。”
“因此，馬援的妻子、兒子都不敢將馬援的靈柩運回家鄉，葬入祖墳，隻在城西買了幾畝地草草下葬。”
“賓客、故友都不敢前去吊唁。”
“之後，馬援的家屬得知蒙冤，經過六次上書說明冤屈，劉秀才準許馬援的靈柩運回家鄉安葬。”
“永平十七年，馬援的墳墓被重新修整，栽植樹木，建起祠堂。”
“建初三年，東漢章帝劉炟派五官中郎將持節追加策封，諡封馬援為忠成侯。”
陸遊：馬援曾經得到王莽堂弟王林的推薦，擔任過新城大尹。
王莽政權滅亡後，馬援逃到了涼州避難。
一年後，馬援得到了隴西軍閥隗囂的器重，擔任綏德將軍。
公元28年，馬援歸順了光武帝劉秀，他雖然投奔劉秀的時間較晚。
但卻得到了劉秀的重用，多次領兵出征，並且屢建戰功，因此被封為新息侯。
馬援的侄子馬嚴、馬敦喜歡議論朝政，品評人物，還通輕俠客。
馬援在南征交趾時，曾經給他們寫信訓誡，並舉了越騎司馬杜季良的例子。
結果這封書信被杜季良的仇人利用，他向光武帝劉秀告狀，說杜季良。
為行浮薄，亂群惑眾，伏波將軍萬裡還書以誡兄子，而梁鬆、竇固以之交結，將扇其輕偽，敗亂諸夏。
光武帝劉秀很生氣，當即召見了梁鬆、竇固，以訟書及援誡書示之。
梁鬆、竇固嚇得叩頭流血，才沒有被光武帝降罪。
馬援並沒有批評梁鬆、竇固，而是在教訓自己的侄子，但他的這封書信被人利用，結果得罪了梁鬆、竇固。
這兩個人可不一般，梁鬆是東漢功臣梁統的兒子，娶了劉秀的長女舞陰公主；
竇固是竇融的侄子，娶了劉秀的女兒涅陽公主。
馬援在南征時與蠻夷進行對峙，牟平侯耿舒給兄長耿弇寫了一封信。
耿弇立即將這件事上奏，光武帝很生氣，就派梁鬆去軍前問責。
梁鬆還沒有抵達軍前，馬援就病死於軍中。
正所謂牆倒眾人推，馬援得罪過的人就開始誣陷、詆毀他，比如梁鬆、竇固等。
馬援在交趾的時候，經常服用一種叫薏苡的植物果實，用來輕身省欲，以勝瘴氣。
班師回朝的時候，馬援特意裝了一車薏苡的種子，朝中的權貴們認為這是南土珍怪。
馬援死後，梁鬆、竇固等人就說前所載還，皆明珠文犀，馬武、侯昱也證明有此事。
光武帝勃然大怒，下旨追責馬援。
馬援的妻子上書訴冤，前後六上，劉秀這才同意將馬援安葬。
由於這件事，馬援的小女兒斷絕了與竇家的婚姻，進入宮中，後來成為漢明帝的皇後。